写在前面「熊言熊语」这个名字来自于我2020年初开始做的一档音频播客节目。那段时间是我读博即将进入尾声。不难想到「熊言熊语」是借了「自言自语」这个词再加上「思考问题的熊」这个ID。彼时，我强迫自己说话和表达，一方面是因为长时间的密闭空间生活让我的表达欲丧失殆尽，另一方面是博士尾声面临的迷茫和困惑让我无法正常思考。这个播客节目虽然在录制30期之后目前处于停更状态，但自那以后我幸好还能时不时写点东西。如今，作为一个渺小的个体，无论面对怎样的生活和环境，你我都应该保留思考的能力，保留表达的能力。就像我前几天那篇推送中写到的：无论怎样，都要找到一种和这个世界沟通的方式。也许，能做的不多，但，多少能做点什么。未来10年肿瘤精准治疗的6个未解之谜好了，进入正题。Nature

写在前面通过参加自己领域内会议来了解行业动态和现状是非常好的途径。如果你也在从事肿瘤领域相关的工作和研究，每年召开的ASCO和ESMO这类世界级大会和国内的CSCO自不必多说。更进一步，如果你对某一个细分领域感兴趣，不妨搜搜是否有更垂直的会议可以关注。虽然最近几年线下参加会议的机会少了，但对于和我一样的初级选手而言，即便不参加会议只是看看会议日程往往也能收获一些新知，乐在其中。就在这两天，美帝那儿正召开一个为期两天的液体活检summit，主题是「Surveillance

我可能做对了三件事在陌生领域开始读文献，我劝你别读正文6年硕博生活的6条心得-生活成长篇你也可以在学术报告中讲好一个引人入胜的故事深情点赞

年，厄洛替尼（Erlotinib）成为首个获准用于治疗胰腺癌的靶向药物。一项重要的临床试验发现与单独使用吉西他滨（Gemcitabine）化疗相比，将靶向药物厄洛替尼（Erlotinib）

声明本公众号所有文章的专业/行业相关信息全部来源于公开资料，且所有内容观点仅代表个人。写在前面很多东西，单独看一个点看不出什么，但相似的东西摆在一起还能耐住性子看过去，往往就比较有意思，比如文献，比如财报。8

文献小组+姓名+学校/公司截止日期无特殊声明持续有效。以及，有任何问题和建议可以留言区见。如果以上是你想要的和符合的，等你，来，一起读文献~🙋🏻♂️🙋🏻♂️🙋🏻♂️

目前的技术问题、应用方向和新的应用前景有一个相对综合的了解和把握。说明：在这篇文章中，我们会弱化共识中具体的实验和技术细节，而是关注于两份共识中涉及到

Genetics上有啥差别你给我解释解释你们发现的一些结论在更多的队列中是否成立你给我测试测试你这个signature和先前2018年发表结果一致性较弱，是否是因为这次的数据是TCGA

《Google软件工程》这本书朋友推荐给我的时候内心里是懵的，咱就是说就我这coding

这个月初，FDA发布了将ctDNA应用于早期实体瘤药物开发的指导意见稿。https://www.fda.gov/regulatory-information/search-fda-guidance-documents/use-circulating-tumor-deoxyribonucleic-acid-early-stage-solid-tumor-drug-development-draft-guidance对于相关公司而言，意见中的注意事项确实具有「指导」意义。对于相关从业者，等于得到了一份「ctDNA在早期实体瘤临床研究应用方向」的参考答案。整个指南反映了FDA目前对在实体瘤早期临床试验中使用ctDNA作为生物标记物进行药物开发和临床试验设计看法，这部分内容没有涉及将ctDNA用于肿瘤早期检测筛查或在转移性肿瘤的使用。以下为指导意见的大致意译非完整翻译版本，供参考。背景早期非转移性实体瘤的药物开发通常涉及到大型试验和多年随访的时间-事件终点。某些早期实体瘤患者只需局部治疗(如手术、放疗或放化疗)即可治愈，部分患者则需要(新)辅助治疗才能治愈，而另一部分患者尽管接受了手术和/或系统治疗，仍可能发展为转移性疾病。ctDNA

关于阅读量超过100万这个事2018

如无必要，勿增实体。样本够多，无需预设。读博那几年，闲着没事就喜欢做各种软件的测试对比。有时候几个转录组样本非得用两三个差异分析方法都做一遍。严谨起来就给它们之间求一个交集，狡猾起来就谁的结果「更好」就用谁（想必你也是这么做的）。2021年，从植物研究转到肿瘤后，对于处理TCGA这类大样本队列，分析中我其实不少次也是通过对tumor和normal组直接进行Wilcoxon秩和检验来找差异基因，原因无它，唯快不破。当然，更多时候是两种方法混用，好处是样本量多了跑上DEseq2可以离开座位溜达两圈活动活动。2022年，前几天发表在

面临行业的冬天，公司应该如何过冬，个人又能怎样过冬。工作后第一次（线上）参加了公司范围的年会，虽然此时已是来年3月。CEO分享的过程中聊了聊宏观和行业，反复提及的一个关键词是「过冬」。嗯，春天来了，却要做好整个行业开始（继续）过冬的准备。冬天如此漫长我们生活在一个又一个周期中，最近几年（前几年和今后几年）都会处在周期的波谷。国际环境和经济环境无需赘述，行业环境也惨不忍睹。看看行业内很有代表性的两家企业

掐指一算，又到了每年向各位朋友进行年终汇报的时间，不过「年终」硬生生地让我从1月1号元旦拖到农历春节前夕（发出这篇文章的时候应该已是初二了）。我怕大年三十的祝福太多，怕大年初一的鞭炮太响，干脆发一个「2021年终总结」，愿读到这篇文章的你体会到一丝领导批复年终报告的感觉，顺祝来年继续🐮🍺。按照往年惯例：如果关心数据可以重点读前面部分；想看思考心得可以重点读中间部分；留意安利环节可以重点读后面部分；想给我发红包，动动小手直接滑到结尾2021年有16个月个人总结的例行环节是统计过去一年和这个世界的交集。2021年，我们的主页（kaopubear.top）迎来了2.1万个用户的3万次会访问，按照平均会话时长1分17秒计算，我们彼此通过文字和网络沟通了642个小时，按照8小时工作量来计算，大致是完整的4个人月。这意味着什么呢？用和这个世界的连接时间来计算，我的2021年有16个月。播客和博客「熊言熊语」播客2021年处于停播状态，不过后台数据还是让我小小震惊。在我们自己的服务器上，过去12个月「熊言熊语」播客共有1万6千多次的下载，再粗略加上其它几个第三方的平台还是有接近3万次的收听。计划播客在2022年重启来着，希望计划这次能赶得上变化。2021年前前后后一共写了20篇博客，写字手速确实大不如前（年），其中比较受欢迎的三篇是

如何看待学习6年硕博生活的6条心得-生活成长篇熊说肿瘤｜OncoSearch：肿瘤研究必备（自用）的聚合搜索工具

写在前面如果你目前的学习或者工作和「肿瘤研究」相关，面对日新月异的研究进展，想必总会在实际工作开会或者看文献的时候发现各种奇奇怪怪的基因和名词。问同学和同事吧，有点不好意思，鼓起勇气问了，很可能就也还记不住。（好吧，以上都是我对现状的自我剖析）于是借助

防杠声明：如果以下内容你认为哪里不对，那一定是你的问题。emmm，说明你已经不是这个领域的新人啦，大佬喝橙汁，恭喜恭喜！迷途知返：如果你想长期在某一个领域深耕，关注相关的研究文献进展。我推荐你

写在前面昨天发了一张图出来，配文是：不论你今天做什么，都祝你好远，顺祝自己。其实今天是我博士学位论文答辩的日子，没错，工作快3个月之后的打工人回来「抽空」答辩。心里有点忐忑，不过好在讲的内容是最近两年断断续续主要做的东西。前段时间我在完成一次面向客户的项目汇报前更是紧张的一匹，好在同桌铁子讲的一句话让我缓解了一点焦虑。他说：你得知道，你要讲的东西全世界再没有人比你更熟悉了，不要慌。这话我今天早晨又反复和自己讲了几次，下次你也可以试试。准备两个版本的PPT说到做项目分享，有不少人曾经和我讨论有没有什么心得，我其实经常会采取的方法是准备两个版本的PPT。如果时间允许，一个项目可以同时准备两个不同时长的版本，一个40分钟，一个5分钟。比如我这个项目40分钟的版本用来今天答辩，5分钟版本之前用来申请了一个奖学金，也没浪费。具体点说。40分钟的幻灯内容页大概三十多张；5分钟的话内容页有六七张就够了。40分钟的每个层次内容可以扩展三点依次介绍；5分钟的扩展三点就省了只讲「层次」。40分钟要讲清楚来龙去脉：背景，方法，结果，讨论；5分钟只讲问题的严重性紧迫性以及解决问题的效果。40分钟的需要让评审记住你逻辑严密、思考充分、技术过硬；5分钟的让评审记住你人还行或者想试试东西。40分钟的讲完之后听众最好觉得「无话可说」；5分钟的讲完之后听众最好想「加个微信」。比如之前参加奖学金答辩的一位老师，今天和他的学生一起又来听了一次完整版，希望内容对他们的课题能有一点点用吧。如果路子再野一些，可以考虑40分钟版本的分享前面也还是先讲5分钟版本。开门见山不够，直接翻过去。以及因为有两个答辩委员会老师人在北京，今天的答辩是线上线下同时进行的。结果线上热闹得很，后来得知除了自己的父母，他们携我的姨夫姥姥及若干家属同步观摩了答辩全过程。如果你今后有机会参加线上的活动，也推荐你不妨把链接发给自己的家人。他们很大概率听不懂，但一定听得津津有味不亦乐乎。

又一次知识焦虑和学习焦虑最近又一次出现了比较严重的信息焦虑、知识焦虑和学习焦虑。这种感受上一次出现是研究室刚开始决定做生物信息方向，再上一次出现则是在大三决定准备读研。这三次的相似之处是处于不同阶段的转折点，想要开始做一件新的事情但尚且不能找到清晰的头绪；不同之处则在于自己已经从20岁来到了29岁，当时身边还都是同龄人，此时早已不然。在任何一个领域，当你作为菜鸡进入的时候通常都会面临着这样一种情景：抬眼望去你的面前是经验阅历丰富可能还比你年轻的同辈，你的身后是这个领域积累了几年甚至十几年的知识储备，你左顾右盼时到处似乎都是不应该错过的信息。你知道自己的的眼光应该放在这个领域的三五年之后，但又清楚自己的现状明显是多数人的三五年之前，头脑和思维则处于这种身体和眼光的脱节之中，无处安放无所适从。阅读是我平复情绪的一个主要方式，所以焦虑的直观体现就是自己最近一个多月的读书时长显著增加🤣，平均每周在微信读书的阅读就能超过10个小时，还没算进去纸质书。我最近读到的书中，《程序员的思维修炼》虽然不厚但读完收获很多，其中尤其有两块内容启发最大，所以记录成文和你分享。德雷福斯模型：新手和专家的区别如何区分新手和专家这个话题之前在很多场合都聊过且每次讨论结果都不尽相同，比如在熊言熊语的播客节目中

能够横向对比当今热门的23款笔记工具并分析了它们超过269项的特点，或许能够帮助你找到契合自己的笔记工具。https://www.noteapps.info/简约不简单的大纲笔记工具

本科毕业时因为准备考研，我曾用前前后后一多年的时间整理了一本30多万字的文集，这个小册子如今还会被一些学弟学妹读到。随着进入6月下旬，自己6年的硕博生活也即将走入尾声，过去6年我能分享的东西并不多，但终究还是要写些东西作为总结和纪念。于是，我整理了12条心得，有经验也有教训，6条和生活成长相关6条和学术科研相关，这篇文章先把前6条与你分享。所谓成长，是我们认识世界和世界相处的方式发生变化的过程。与我而言过去6年有一半的时间生活在网络中，种种变化也更多的来自于在网络中的分享和表达。从最简单的事情开始

本科毕业时因为准备考研，我曾用前前后后一多年的时间整理了一本30多万字的文集，这个小册子如今还会被一些学弟学妹读到。随着进入6月下旬，自己6年的硕博生活也即将走入尾声，过去6年我能分享的东西并不多，但终究还是要写些东西作为总结和纪念。于是，我整理了12条心得，有经验也有教训，6条和生活成长相关6条和学术科研相关，这篇文章先把前6条与你分享。所谓成长，是我们认识世界和世界相处的方式发生变化的过程。与我而言过去6年有一半的时间生活在网络中，种种变化也更多的来自于在网络中的分享和表达。从最简单的事情开始

参与度和影响力：与他人合作以确保研究能产生更广泛影响的知识和技能从哪里获取更多信息和资料如果你想通过网络了解一些非学术层面的职业技能介绍与资料，大致有以下三个途径。国外高校的职业发展中心The

2–5的压缩效果。说到压缩工具，这里推荐一下GTZ，它是人和未来开发的生物数据压缩工具，一直在稳定更新目前已经到3.0版本。主要针对fastq文件，BWA

获得全部数据和代码下载链接文献地址https://doi.org/10.1371/journal.pbio.3000918附上这22个大的领域列表Agriculture,

最近收到了一个朋友的来信。信很长，简单来说这位朋友：2020年上半年抱着不能「延期丢人」的信念挣扎毕业之后最近半年各种不顺利，申请国外和国内的几个学校纷纷失败，有科研助理的机会也不太想去。毕业半年目前没有工作而且2021年已经读博无望，28岁的年纪也让他很挣扎要不要继续读博。以下是我的回信：你好，感谢你的来信。首先说说毕业时间这个问题。研究生（尤其是博士）的毕业时间某种程度上是和导师协商以及和自己协商的结果。涉及到比如课题进度、文章进度，工作机会，下一步发展和当下的整体环境等很多问题。按时毕业还是推迟半年一年，我想并不是研究生毕业这件事情的重心和中心，单就时间节点而言无论怎样都不值得骄傲也不需要感觉丢人，重点是毕业前你得到了什么和毕业后你会去做什么。按时毕业反而gap了一年和延后一年毕业但是发了一篇文章哪个好是见仁见智的事情。2020年的疫情（这个事情可能持续两三年）打乱了很多人的计划，无论是毕业还是出国，但是从你的信里更多看到的是一种不知道为什么的执念以及些许不甘。我没办法替你做选择，也很难从一封信里了解更多东西，只能给一些提醒吧。读博不是因为赌气，也不是因为执念，我也不建议把读博理解为继续硕士毕业后的继续上学。不要为了取悦别人（比如父母）而读博，这样今后遇到的各种不顺心都容易归结给对方；不要因为别人（比如导师）的热情鼓励而读博，形势变化的速度很快，很多东西今时和往昔差别极大，也不要因为毕业前不知道还能做什么而读博。从我这几年的经历和身边的例子来看，读博有非常大的不确定性，一小部分人走上了很好的学术生涯，也有一小部分人非常挫败，大部分人得过且过。在权衡是否读博的时候，首先要想想因为读博可能错失的职业发展机会和需要付出的职业成本，比如在三年或更长的时间里如果投入工作，你很大概率会攒些钱，获得些工作经验然后得到一两次晋升，如今在大部分行业里（比如互联网）这比一个博士学位来的更直接更实际。读博会让你在某个领域有深入的研究，但无形中也会缩小今后工作选择的范围。读博并不是推迟工作的方法，因为它本身就是一个职业选择和一次职业培训，这些职业又大多数局限于高校或者高度专业化的相关领域。如果你想从事研究和教学类工作，或者想在专业的细分领域工作，读博是不错的选择。如果你非常不善于处理人际关系，那么读博整体的工作环境来说也相对简单。另外，从很多与研究生相关的热点事件看，如果一个人经常需要表扬或者习惯于接受肯定，也要对读博慎重考虑。博士阶段接受到的反馈，坏的一定比好的多（阴性结果一定比阳性多）；反馈并不频繁（一个实验经常需要十天半月）且非常滞后（一个课题文章发表往往要两三年）；以及日常还会面对各种拒绝，比如评比落选、文章拒稿和导师责备。如果你权衡了很多还想读博，就尽快做决定吧。至于你信中还提到的选择国外还是国内读博，坚持什么方向，以及毕业后的职业道路，我目前都很难给出更多回答。一是因为每个人都差别很大，我看来不错的选择可能完全不适合你；二是我还没有丰富的经历去做什么判断，比如我也尚未毕业也没有出国读书的经历。其实科研助理也是你实际感受要不要继续读博的一个机会。无论怎样还是先把一件事情做起来才会增加后续的各种可能性。熊言熊语播客有不少期内容都讨论了和读博相关的问题，可以点击阅读原文浏览收听。熊言熊语会员通讯「4321X」是一个免费的订阅服务。每期会为你推荐

Other）推荐你阅读，感受优秀摄影作品带给人的冲击。在线杂志Voicer在微信公众号用可以交互的方式整理了今年国内曾经火热过的20个关键词，可以看看哪些是你不那么熟悉或者已经忘记的。Viocer

你现在看到的是熊言熊语会员通讯4321X第0期试读版本，今后我们会不定期的将部分会员通讯内容发布到各公开平台，如果想稳定阅读每期内容欢迎通过邮件订阅这份免费的会员通讯服务，点击文末阅读原文即可订阅。Hi,