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熊言熊语会员通讯4321X第7期 从拖更聊到创作

思考问题的熊 熊言熊语 2022-09-01
收录于合集
#4321X 5 个
#熊言熊语会员通讯 6 个
Hi, 见信好：
我是思考问题的熊，你现在正在阅读的是熊言熊语会员通讯「4321X」第7期试读版本。截至本期通讯，「4321X」订阅人数为：950。熊言熊语会员通讯是一个你我共创的产品，我负责贡献喜欢的内容，你负责把它推荐给更多的人。
每一期Newsletter都会包含很多扩展阅读链接，为了及时收到最新内容和获得更好的阅读体验，欢迎扫码登记，通过邮箱进行订阅。公众号仅不定期推送试读内容。


刊首语
好久不见，这次刊首语想和你聊聊为什么拖着这么久没有更新。
4321X最新一期时间停留在2021年2月11日；熊言熊语的最新一期播客时间停留在2021年3月6日。其实从2月开始，我个人基本处于离线消失的状态。消失的几个月应该是我近几年最焦虑的一段时间。工作上，又接触了几家公司，反复确定后续细节；学业上，写毕业论文送盲审，写新的paper投稿被拒修改再投稿；生活上，领结婚证拍结婚照。
简单说，总结过去5年和影响未来5–10年的若干件事都在一个时间段接连发生，各种复杂的情绪在这几个月疯狂累积，有太多细节合适的时候再慢慢记录分享吧。
迟迟无法更新的主要原因来自于动机和操作复杂度。
时间管理本质是精力管理和优先级排序，写会员通讯对于我来说重要么？客观讲，不更新不会影响我的毕业和工作，当个人精力极度有限的时候就不得不先把它暂时停一停。我在刚开始写这份通讯的时候和「产品沉思录」的主理人少楠老师聊过怎么能向他一样把每周写一封高质量邮件坚持四年，他回复了我三个字：收费吧。
确实，当动机无法保证的时候付费代表着创作者的承诺和读者的信任。
从操作复杂度来说，开始这个Newsletter的初衷是通过固定周期固定类型的输出来反过来促使自己有固定输入。我把它分为四个部分，包括：专业相关的文献推荐；深度阅读相关的思考；兴趣相关的数字工具推荐以及讨论话题。但一段时间运行后就会发现自己在哪些事情上过于乐观，比如可能每周阅读几十篇文献也找不出四篇感兴趣的和你分享。
说完难度，为什么又更新了呢？主要是因为外部动力推动，换句话说是订阅量的持续更新。我们的4321X邮件通讯因为得到了香港中文大学方可成老师的推荐也在静默期缓慢接近了1000个订阅。感谢方老师，同时也推荐他的新闻实验室给你，有免费版和付费版，入股不亏。

本期通讯会基于我前一段时间（2月份）看到的几份报告聊聊创作分享以及平台相关的内容，以下为正文。
文献
Meta-Analysis of Tumor- and T Cell-Intrinsic Mechanisms of Sensitization to Checkpoint Inhibition
一篇今年2月发表在Cell的大文章，信息量和数据量极大。多国的联合研究团队对 7 种肿瘤1008位接受免疫检查点阻断治疗的患者进行了全外显子组和转录组测序同时进行了多种生物信息学分析，分析了将肿瘤和 T 细胞内在耐药机制纳入考量的多变量预测模型的预测潜力。其中克隆性TMB和CXCL9/CXCL13表达是CPI反应的最强预测因子。
Cell风格的文章方法详细，作者也提供了所有图的复线代码，也是非常好的学习材料。
Litchfield, Kevin, James L. Reading, Clare Puttick, Krupa Thakkar, Chris Abbosh, Robert Bentham, Thomas B. K. Watkins, et al. 2021. “Meta-Analysis of Tumor- and T Cell-Intrinsic Mechanisms of Sensitization to Checkpoint Inhibition.” Cell 184 (3): 596–614.e14. 
https://doi.org/10/ghzbhb

A comprehensive survey for human transcription factors on expression, regulation, interaction, phenotype and cancer survival
大约8%的蛋白编码基因是转录因子（TFs），TF与疾病表型密切相关。人类约68.34%的TF(1138个TF)被表型数据(来源于AnimalTFDB3.0、MalaCard和Ensembl)注释，333个TF(20%)属于某个KEGG通路。
本文章的研究人员对所有人类的转录因子（TFs）的表达、调控、相互作用、突变、表型和癌症生存情况进行了系统研究。正常组织中TFs的平均表达水平比非TFs低50%，而在癌症中TFs的表达量增加。在单个组织或癌症中特异性表达的TFs可能是潜在的标记基因。TGIF2LX/Y在睾丸中优先表达，NEUROG1、PRDM14、SRY、ZNF705A和ZNF716在生殖细胞肿瘤中特别高表达。
Hu, Hui, Qiong Zhang, Fei-Fei Hu, Chun-Jie Liu, and An-Yuan Guo. 2021. “A Comprehensive Survey for Human Transcription Factors on Expression, Regulation, Interaction, Phenotype and Cancer Survival.” Briefings in Bioinformatics, no. bbab002 (February). 
https://doi.org/10/gjrp5d

Genozip - A Universal Extensible Genomic Data Compressor
管理实验室服务器这几年我总结出了一个「服务器所需存储测不准原理」，无论你如何推算服务器需要增加的存储大小，实际存储永远会比你以为的用的更快。一开始觉得4T没问题，结果没多久用完了，于是决定增加10T，还是会和之前4T在基本一样的时间内用完。因此，如何对数据进行压缩储存一直都是一个经久不衰的小课题。
这篇文章是今年2月发表在Bioinformatics，开发者提出了一个名为Genozip的压缩工具，其亮点是可以压缩几乎所有类型的生物数据，比如 FASTQ, SAM/BAM, VCF, FASTA, GVF, 23andMe，且有优于gzip 2–5的压缩效果。
说到压缩工具，这里推荐一下GTZ，它是人和未来开发的生物数据压缩工具，一直在稳定更新目前已经到3.0版本。主要针对fastq文件，BWA 和 BOWTIE 等常用版本软件提供了详细的配套使用说明。
Lan, Divon, Ray Tobler, Yassine Souilmi, and Bastien Llamas. 2021. “Genozip - A Universal Extensible Genomic Data Compressor.” Bioinformatics, no. btab102 (February). 
https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btab102

Integrative Survival Analysis of Breast Cancer with Gene Expression and DNA Methylation Data
生物医学数据的综合多特征分析实例。在乳腺癌（大多数癌种应该都是如此）中，与使用单一特征相比结合mRNA数据和DNA甲基化数据可以更好地对具有不同预后的癌症患者进行分层。
然而现有的方法通常是简单地将这些基因特征串联起来，忽略了随着时间的推移不同组学维度之间的相关性。本文针对这个问题提出了一种新的自适应多任务学习方法和生存分析的新模型，和常用方法相比Multi-task losses (ML_ordCOX)更加有效。另外，文章涉及到的数据和代码作者已经开源，也是一个不错的学习材料。
Bichindaritz, Isabelle, Guanghui Liu, and Christopher Bartlett. 2021. “Integrative Survival Analysis of Breast Cancer with Gene Expression and DNA Methylation Data.” Bioinformatics (Oxford, England), March. 
https://doi.org/10/gkgbqj
思考
视频制作可能是一个自媒体参与者必须尝试涉及的领域，只有硬核、优质的内容，才能自带流量。
最近看到了三个研究报告，一个是中国互联网络信息中心(CNNIC)发布的第47次「中国互联网络发展状况统计报告」，一个是2019年腾讯发布的「00后研究报告」，另一个是最近新榜联合B站发布的「B站UP主价值研究报告」。
截至2020年12月，网民学历结构大学本科及以上的比例是 9.3%，收入在8000元以上的是14.8%。很大程度上能够看到这封newsletter的你已经是上述两者之一或者同时属于两者了。我们生活的组成远比我们想象的多元和复杂。
截至2020年12月，我国网络视频(含短视频)用户规模达9.27亿，较2020年3月增长7633万，占网民整体的93.7%；短视频用户规模达8.73亿，占网民整体的88.3%。也就是说几乎所有上网的人都是网络视频的消费者，对应到个人创作者自制的平台，无非就是B站为代表的中长视频和抖音为代表的短视频。
如果你现在想分享自己的想法或者有志向于成为一个有点影响力的自媒体，制作视频还是目前最正确的选择。
B站的报告显示，兴趣视频内容中，Z世代尤其偏爱动漫、美妆、穿搭、舞蹈和Vlog。从增涨情况来看，数码、知识、时尚、美食、生活等内容投稿量增长显著。如果你长期关注B站可能会感受到现在的内容制作越来越偏向于团队化和精致化，对于一个业余小白来说，如果你想开始经营一个B站账号此刻最简单的方式是从Vlog开始，然后逐渐延伸一点自己擅长的东西。
兴趣成为年轻人相互沟通最有效的语言和信息内容，而具备专业内容创作能力的视频创作者逐渐收获更高的用户粘性和信任感，这种信任则是心智转化和销售转化的关键性因素。优质的兴趣视频，其生命力可以无限地拉长。一旦用户关注并喜欢上一位UP主专业且有趣的内容后，他们也会习惯于翻看其他历史视频。这一点和播客领域一致，保持高品质，你的听众很大程度上会去回听你的以往的节目。从这个角度来说，制作的内容最好是存量类型而非流量类型，其价值不会随着时间的推移而显著降低。
不过，你选择愈发成熟的平台，想要突破圈层的限制就越难，最关键的是找到自己擅长的内容然后找到喜欢这类垂直内容最相关的群体。比如我们的Newletter读者，目前有接近一半是医学和生物相关的硕博生，每期的文献内容就是他们作关注的，另一半则相对更喜欢看看我的胡思乱想和推荐的工具。
关联阅读：为何UP主能持续制造出圈爆款？我们联合B站发了份报告

2020年的全球新增播客带来了280%的增长，平均每分钟会有2个播客诞生，但是30%的新播客只更新了一两集
Chartable 前不久发布了2020年全球播客市场数据分析结果，2020年的全球新增播客带来了280%的增长，新诞生了超过88500档播客节目，其中中文播客在2020年增长了8.4倍，增长情况排名全球第二。虽然2020年平均下来每分钟会有2个播客诞生，但是30%的新播客只更新了一两集。
另外在新内容类型上，新增播客更多的类别为教育和社会文化相关内容。
扩展阅读：How podcasts powered through the pandemic: 2021 Trends & - Chartable

现在是你开始公开分享自己工作的最佳时机
熊言熊语播客有一段时间没有和大家见面了。除了精力以外的主要原因是对剪辑的恐惧和对节目发展走向的困惑。
这种困惑似乎是所有内容创作者都必然会面临的，前一段时间的一期影视飓风视频中，Tim 也提到了创作者的死亡三角：数量，质量和原创性，这三者最多只能保证两个。
在这期视频中，Tim还提到一个好内容应该至少满足 HKR 的一个特点。其中 H 代表happiness快乐，K代表knowledge知识，R则代表resonance共鸣。如果给熊言熊语播客内容定位，K和R是我目前更在乎的特点。
在第28期播客节目中，我聊了「如何通过网络分享自己工作」这个话题。这一期主题来源于听友提问，内容整理自「Show Your Work」这本书和我自己的阅读实践心得。如果你正在犹豫要不要分享自己的工作或者正在困扰于如何分享，希望本期节目可以给你一点启发和帮助，也欢迎你回复邮件告诉我应该如何看到你分享的内容，如果有不错的以后也会在我们的通讯中向读者分享。期待～
总的来说，结合上文提到的几个报告，现在应该是开始公开分享你自己工作的最佳时机了。
推荐
Apple music
Apple music 很长时间都是默默躺在我手机里的一个应用，就是会放进名字是「用不到」的文件夹。不过在订阅使用了一年之后感觉很香，我已经放弃了续费网易云和QQ音乐。Apple music 的几个特点：

  • 坚持编辑推荐，人的力量在歌单上比机器强大

  • 各种各样区别于网易云和QQ音乐的歌单

  • 很多在工作休息时收听的音乐

  • 界面和使用足够简单

  • 价格很便宜，学生每月6块，无需再次花钱购买专辑。如果有条件可以尝试港区


适合放空和放松的视频
不知道你有没有看过这样一类视频，拍摄者在各个地方拿着录像设备随走随拍，没有对话没有背景音乐会保留实际环境音。类视频有一个名字叫做 Slow TV，最早起源于2009年挪威广播公司电视台播放的7小时火车旅程视频。
如果你在 YouTube 中搜索 Slow TV，自动联想出的内容就是 Slow TV Norway。一个典型的 Slow TV 可以看这个日本京都的视频。同时推荐 Rambalac 频道，目前 Rambalac 在 YouTube 上已经有了超过40万个订阅者。如果访问 YouTube 有困难，在B站也可以找到一点搬运视频。中国各个城市质量比较高的拍摄视频可以订阅 YouTube 频道 Walk East，不过他的部分视频不能算严格的Slow TV。
如果你想看世界各地这类视频，推荐一个叫做 Slow TV Map 的网站，可以通过交通工具的方式进行筛选。
此外，也有人使用 Google map 制作了一个类似的旅行视频清单，可以通过国家和地区进行选择，这份地图上共有600多个视频。

SimilarWeb
我们什么时候开始用流量来衡量这个世界了呢？这个世界访问量最高的网站如下图所示。
如果你想详细了解，可以访问SimilarWeb，它还有一个Chrome插件 SimilarWeb供使用。

讨论
本期的讨论话题是：你有没有努力了很久突然发现方向错了的经历？
说一个我的例子。前一段时间自己写的软件没有什么改动突然不工作了，用了两天时间Debug，最后无奈之下尝试给调用了API的大厂写邮件请教，结果对方客气的回信：It is related to the current issue that we have. We’ll update you once things are back to normal. 嗯，得嘞～ 截止邮件发送当天，问题还没有被解决。

one more thing
关于最近热烈讨论的躺平和内卷，我家的猫做了很好的动作示范。
我们下期再见👋
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