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[新年吃生瓜]Omicron的毒力之谜

拍老师 拍照稀烂的焦虑怪 2022-01-03
大家新年好!
话说一个月之前,
2021年12月1日,
Omicron刚刚冒头不到10天的关头上,
各国突然不约而同冒出来这么一种奇怪论调~

——请品鉴:


  • Omicron感染者“均为无症状”;

  • Omicron感染者“症状轻微”;

  • 以及,由此引申出来的,Omicron毒力减弱、不足为惧;

  • 再以及,由此继续引申出来的,新冠病毒毒力正在减弱,逐渐流感化,大流行即将结束。


呵呵,
这未免也太心急了吧?
一种新发病原体,
刚刚发现才一周
加上隐匿流行期,
最多也就面世一个月出头,
大伙儿居然就开始头头是道地讨论无症状比例、症状程度,毒力强弱,
甚至毒力演化路径……
这是一种怎样的抢跑精神?

虽然咱当时并不知道以上问题的答案~
(当然了,还是发现了一丢丢蛛丝马迹,以后有机会再说)
但为了抵制这股子歪风,
所以咱斗胆冒头回复了一句——

一个月之后回头再吃瓜~

请见这里:[Omicron]请各位稍安勿躁,不要抢跑……


转眼之间,一个月就到了……
可惜实锤数据还是不算特别足,
但既然海口已经夸出去了,
咱还是如约来吃一口,
这个半生不熟的瓜吧。

哦对了,之前说要截图打脸来着,
图倒是截了不少,
但转念一想吧,
打脸还是算了,不好玩~

毕竟大部分被截图的,
其实只是些人云亦云的转发党而已,
这些脸,打不打都没啥意思~
而真正在新毒株冒头一周就强势操纵舆论方向的元凶,
咱又惹不起……
所以还是跳过喜闻乐见的打脸环节吧,
咱直接摆数据讲道理。



一、【感染者均为无症状或症状轻微】论是什么鬼?

这个说法来自ECDC,
但其实ECDC也不算造谣……
因为他们说这话时,
明确了对象范围,
他们针对的是截止2021年12月1日发现的42位欧洲输入病例。
这点完全完全不奇怪。
因为在2021年12月份,
地球上随便哪个国家随机选取42位随便感染什么变异株的输入病例,
结果都大概率是“无症状或症状轻微”……
这一点是“输入病例”这一群体的特征决定的~

不过奇怪的是,
各大主媒和自媒体纷纷针对ECDC的这句话尽情发挥演绎,
传着传着就变成了“Omicron感染者均为无症状或症状轻微”……
那么事实如何呢?
其实之前咱已经偷偷抢过跑了~
请看这里:[搬运工]奥斯陆报告
还有这里:[变异毒株]2021年12月25日,Omicron最新情况汇总(简短版)
以及这里:[变异毒株]2021年12月10日,Omicron最新情况汇总

简而言之,上面三个链接里面,
分别有奥斯陆大学、法罗群岛大学以及斯坦伦博斯大学三个机构,
各自针对当地发生的聚集性感染事件的案例报道,
其中详细涉及了各自的无症状比例和症状严重程度。

——请首先品鉴:
↑ 以上是挪威奥斯陆某聚集性感染事件,其中:
  • 共81人(73%)感染Omicron变异株;

  • 感染者中位数年龄36岁;

  • 98%感染者已完全接种;

  • 80(99%)位感染者出现症状,具体症状见上表;

  • 74位感染者 (91%) 报告了至少三种症状;

  • 症状严重程度分级(1-5级):3级症状42%  ;4级症状 11%


——请再品鉴:

↑ 以上是法罗群岛某聚集性感染事件,其中:
  • 共21人感染Omicron变异株;

  • 感染者中位数年龄45岁;

  • 所有人都已接种三针BNT疫苗;

  • 100%全部有症状(具体见上表);

  • 平均每位感染者报告6种以上症状;

  • 症状严重程度分级(1-3级)详见上表。


——以及,请继续品鉴:
↑ 以上是南非西开普省最早确诊的七位已接种三针疫苗的感染者,其中:
  • 共7人感染Omicron变异株;

  • 感染者年龄在26-39岁之间;

  • 所有人都没有基础病;

  • 所有人都已接种三针疫苗;

  • 100%全部有症状(具体见上表);

  • 感染者均报告多种症状(具体见上表)。

所以情况就是这么个情况,
什么“无症状”,
什么“症状轻微”,
不过是幻觉罢了。
症状都摆在各个case report里呢,
就看媒体报不报道了~



二、【毒力减弱】论又是什么鬼?

相比无症状或者症状轻微的论调,
毒力减弱的说法显得更具有迷惑性。
因为一个方面,
确实在南非、英国和丹麦等疫情严重的地方都观察到一个趋势,
即Omicron感染者的入院比例和病死率都明显减少;

——比如说,南非,请品鉴:
↑ 上图横轴上方的蓝色面积图是新增确诊人数,
横轴下方的红色面积图则是新增死亡人数。
明显可以看出,
从第三波到第四波,
新增确诊在暴涨,
新增死亡却在暴跌。
是不是很乐观?

另外一个方面呢,
各个体外试验和动物模型试验都证明Omicron的肺部复制效率明显降低。

——请再品鉴:

不少朋友觉着,
亲眼所见的数字,
总该不会骗人了吧?
而且多个巨咖都得出相似的研究结论,
总该足够说明问题了吧?
然而很可惜,

亲眼看见的数字还真的会骗人。
(至少也是让真相变得模糊不清)
巨咖们在“培养皿”“动物模型”里做出的发现,
也不一定能够外推到人类社会,
而且说不定还有其他深层原因(后面细说)~

在正式开始八卦之前,
咱得约定一些个术语~
推上和FB上大伙儿都在说“mild”,
国内经常用的说法则是“温和”、“纸老虎”之类的,
以上概念都太宽泛,
容易产生歧义。
病毒学的黑话里面,
要判断某个变异株是不是Mild,
相关的概念应该是“毒力”(virulence)。

——掉个书袋,请品鉴:

↑ 请见病毒学本科教材《Viral Pathogenesis》(病毒致病机制)2006版第七章第81页处。
翻译成人话:

病毒毒力(或致病性)指的是病毒在宿主体内引起疾病的能力。

由于某种病毒的不同变异株可能表现出不同程度的疾病严重程度,

因此病毒毒力是研究疾病模式的重要考虑因素。

此外,深入了解病毒毒力还具有重要的实际意义,

因为病毒的无毒或减毒变异株通常可以作为活疫苗使用。

例如天花、脊灰、麻疹和黄热病等案例。


毒力的表型(Phenotype)取决于许多变量,

包括病毒株系、感染路径、病毒暴露量;

还包括宿主的物种、年龄和遗传易感性等。

——或者换成人话来说:

总之,
毒力的衡量方式有很多,
比如说在微观层面,
可以做斑块测定(plaque assay),
然后观测致细胞病变效应(cytopathic effect);

而在宏观层面上,
上一节提到的感染者中发病比例,
其实刚好是个很常用的毒力衡量指标~
但各位现在关心的显然不是啥无症状感染者比例,
(而是血流成河……)
所以还是换个衡量指标得了~

鉴于目前全球大多数地方对的入院门槛,
多少有那么一点共同之处,
咱也可以变通一下,
通过比较入院风险(hazard ratios for hospitalisation),
来间接衡量毒力。

不过各位显然已经在很多地方看到了,
比如南非/英国/丹麦等,
确诊病例入院率(CHR)纷纷创下新低,
这到底是怎么回事呢?

其实吧,

之前咱搬运的那份帝国理工学院的报告,

已经算得上是一次小小的抢跑了……

请看这里:[搬运工]伦敦报告


顺便解释一嘴,

同类型的研究已经好几个了

为啥咱总是爱提Ferguson老师那个版本呢?

原因很简单~


——一图秒懂:

↑ Ferguson老师他们把混杂因子控制得最全面呗,摊手~


总之,在上次Ferguson老师版本里头,

他们之所以观察到,

Omicron相对于Delta,

出现了入院风险比明显降低的情况,

主要原因在于,

这两种变异株的感染者分野非常明显:


  • Omicron更倾向于造成重复感染和突破性感染,

  • 而Delta则更倾向于感染没有免疫保护的人群。


所以Ferguson老师得出的结论是,

既往感染史和接种疫苗提供的免疫保护,

可以降低55~70%左右的入院风险比,

而Omicron内生的风险比(intrinsic hazard ratios),

则只降了0~30%


而且吧,

其实直接比较Omicron和Delta的毒力,

这种骚操作本身就不严谨。

比如牛津大佬Katzourakis老师就机智地指出:


  • Delta的直接祖先是B.1,

  • Omicron的直接祖先是B.1.1,

  • Delta和Omicron在演化树上没有亲缘关系,

  • 或者说,Omicron它根本就不是由Delta演化出来的。


——请品鉴:

以上是各主要变异株的无根演化树,

大红色的Omicron出现在演化树7点钟方向;

黄色系的Delta大家族则独占演化树5点钟方向;

两家早在2020年3月份前就分家了,

从此再无瓜葛。


所以呢,

按照Katzourakis老师的意思,

直接比较Omicron和Delta的毒力,

完全不能说明新冠病毒的毒力演化路径。

而想要搞清楚新冠病毒的毒力演化规律,

应该分别比较Delta对B.1的毒力

以及Omicron对B.1.1的毒力;

要么也可以比较B.1.1各个直接后代的毒力,

比如Omicron对Alpha

最后当然还可以比较各变异株相对于原始株的毒力。

 

而根据上面Ferguson老师的测算,

Omicron的内生毒力(以入院风险衡量)要比Delta低0~30%左右,


同时,根据之前众多老师的一致结论,

Alpha的内生毒力要比Delta低一倍左右,

B.1.1的内生毒力又要比Alpha低60%左右~

所以四舍五入换算一下,

就整个毒力演化路径而言,

Omicron的毒力:

  • 比原始株更高,

  • 比最近祖先B.1.1也更高,

  • 比同辈Alpha还是更高,

  • 比八竿子打不到一块儿的大表哥Delta则略低0~30%左右。

所以很可惜,

新冠病毒的毒力演化规律并没有发生转向,

还是在越变越强~

摊手~


但这样的说法,

可能还是不够直接解释南非等地入院风险降低的表面现象,

但没有关系,

咱继续八卦~


首先,在疫情大流行持续两年时间之后,

作为宿主群体的人类,

免疫水平已经和最开始有了显著区别,

所以毒力更高的变异株,

对应的入院比例更低、病死率也更低,

这本来就是正常情况。


——还是以英国为例:

↑ 上图从左到右从上到下分别是英国的新增确诊人数、新增入院人数、新增ICU人数和新增死亡人数;

绿色高亮部分是Alpha流行期;

黄色高亮部分则是Delta流行期。

明显可见,

Delta流行期的入院风险比、ICU风险比和病死率,

全部都明显低于Alpha流行期。


或者用数字来说话,

2020年12月1日到2021年3月1日期间(Alpha流行期),

英国一共确诊2555091例,

一共入院219335人次,折合入院率8.6%(设入院滞后期7天)

一共死亡58590人,折合病死率2.3%(设死亡滞后期21天)


2021年7月1日到10月1日期间(Delta流行期),

英国一共确诊3047992例,

一共入院77144人次,折合入院率2.5%(设入院滞后期7天)

一共死亡10446人,折合病死率0.34%(设死亡滞后期21天)。


看起来Alpha的战绩似乎全面碾压Delta对不对?

但我们都知道,

真实情况刚好相反,

Delta毒力反而甩了Alpha八条街~

或者具体来说

Delta的内生毒力,

不管以入院风险比、重症风险比还是病死率衡量,

都比Alpha高很大一截


——比如说,请品鉴:

↑ 以上是华盛顿州卫生署对该地区2.3万病例的回顾性分析结果,

控制了各种混杂因素之后,

Alpha相对于原始株的入院风险比=1.61, 95% CI 1.28-2.03;

Delta相对于原始株的入院风险比=2.35, 95% CI 1.72-3.22。


那么为啥就没人质疑Delta的毒力呢?

原因很简单,

Delta在英国之外的地方展现过恐怖实力,

大家亲眼看到过血流成河,

所以纷纷选择闭嘴而已~

所以问题就来了,
Omicron有没有展现过实力?
或者说,

在全世界人口中的大多数,

已经通过既往感染或接种疫苗(或双管齐下),

大范围获得预存免疫力的年代,

Omicron还有没有展现实力的场地?


答案显然是焦虑的……

这个世界上,

始终有一部分人没法得到充足的保护力。

  • 比如说5岁以下的儿童,

  • 再比如说少数免疫功能缺陷人群,

  • 以及少数没法接种疫苗的人群等。


下面就以5岁以下儿童为例。
咱先看看柳叶刀三天前刚刚收入的南非NICD某paper,
专门研究南非豪登省第四波爆发(Omicron),
相对于前面两波(Delta和Beta),
入院病例的临床重症风险。
可以说是非常贴合主题了。

——请品鉴:


↑ 如上表,

对比第二波(Beta为主)、第三波(Delta为主)和第四波(Omicron为主),

入院率分别为18.9%、13.7%和4.9%

院内病死率则分别为24.3%、24.2%和5.8%

差距不可谓不明显。

但是呢,

咱稍微转换一下视角,

看看0-19岁年龄组,

入院率变成了7.1%、3.8%和6.1%

院内病死率则分别为2.0%、1.9%和1.3%

差距是不是一下子就大幅缩小了?


并且吧,虽然0-19岁这个年龄组相对接种比例较低,

但预存免疫力可能一点都不低~

毕竟根据南非官宣,

第三波时全民罹患率高达七成(其实低估了),

就算小朋友更受保护,罹患率略低一丢丢(并没有),

但盲猜有五成的既往感染预存免疫力,

应该不算夸张吧?


更重要的是,

Lancet这个paper还只提到了0-19岁年龄组,

这其实也是个大箩筐,

啥都能往里面装~

用膝盖想都想得到,

0-5岁、5-12岁和12岁以上的预存免疫力,

完全不在一个频道。

就比如说这篇预印本自己提到,

0-19岁有5.8%的接种比例。

可是南非12岁以下根本就没法接种……

所以这5.8%都是怎么分布的?

嗯嗯嗯?


下面咱来看另一篇NICD的预印本~


——请品鉴:

↑ 这次NICD终于提到一嘴谈到5岁以下年龄组的惨况了~
(但信息也不够多)
简单来说,截止2021年12月4日,在南非豪登省Tshwane地区:
  • 0-18岁年龄组一共6287人确诊;

  • 其中一共462例入院(占比7.2%);

  • 该年龄组占了总入院病例的18%;

  • 其中62%属于0-4岁年龄段

  • 25%的入院儿童需吸氧;

  • 6%的入院儿童需机械通气;

  • 0.9%的入院儿童死亡。


呵呵~各位如果有八卦精神的话,
不妨去查一查南非豪登省年龄构成,
然后估算一个0-4岁年龄段的入院率、吸氧率、机械通气率,以及病死率。
包你们大开眼界。

或者咱也可以直接吃现成的瓜,
下图同样来自于NICD,

——一图秒懂,请品鉴(可能需要点开大图):

↑ 上图左边是南非19岁以下,各细分年龄段的入院人数,

右边则是同年龄段同期的确诊人数。

注意蓝色的1岁以下年龄段和黑色的1-4岁年龄段呗~


看不清?

别急啊~

——元芳,拿放大镜来:

↑ 确诊人数

↑ 入院人数


呵呵!


所以各位你们明白了吧,

你们看到Omicron入院风险低,

这才是正常情况,

这证明你们打的疫苗(以及之前中的招),

还在切实发挥保狗命的作用~

只不过呢,

在疫苗(和既往感染)暂时保护不到的角落,

新冠还是你们认识的那个新冠~

惊不惊喜意不意外?


而且吧,

南非并不是特例。

全球多个Omicron流行率较高的地方,

都出现了低龄儿童入院风险比居高不下的惨况。


——比如,美国纽约0-18岁入院和ICU人数:

或者说,

更直观的是纽约的相关新闻报道~


——请品鉴:


——全美则是这个造型:

↑ 截止2021年12月18日美国儿童入院人数


——英国:

↑ 截止2021年12月26日英格兰儿童入院人数(黄色曲线),
作为对比,橙色的面积图则是上上一波Alpha爆发期间的造型。

——英国的最新更新(来不及作图了):

↑ 截止2021年12月28日,英格兰0-5岁年龄段入院人数,
一个月时间翻了6倍可还行?

——还有法国:

↑ 截止2021年12月27日法国0-9岁儿童入院人数

——以及,更吓人的:

↑ 截止2021年12月27日法国0-9岁儿童PICU人数

——最后,加拿大魁北克:

↑ 截止2021年12月31日

所以咯,归根结底,
为啥南非/英国全年龄组入院数据还能看,
归根结底是因为打疫苗保狗命
以及之前已经死麻了~
在没打疫苗,以及没有死麻的年龄段,
两年以来的老套路,
还是在重演~

更大的问题在于,

市面上并不是只有低龄儿童才缺乏足够免疫保护,

就目前的数据来说,

某些前期防疫表现相对较好,

以至于既往感染水平较低的国家。

哪怕接种率已然突破天际,

情况照样不太乐观~


比如说,

两针接种率72%,三针接种率26%的挪威,

到了Omicron时代,

入院率和病死率居然没能随大流下跌~


——请对比上边儿南非那张图一起品鉴啊:

再说了,挪威不是孤例,

咱再品鉴品鉴西班牙呗~

——请看:

↑ 老规矩,从左到右从上到下分别是新增确诊、新增入院、新增ICU,以及新增死亡。
绿色=西班牙,
蓝色则是随手抓过来当对照的英国~
惊不惊喜意不意外?

——或者换个角度继续品鉴:

全欧防疫标兵西班牙,
一骑绝尘

所以情况就是这么个情况,

Omicron在南非的成年人范围内,

入院风险不高,病死率更低,

但这不等于在地球上所有地方/对所有人,

入院风险都不高,病死率都低。


毕竟,南非和英国这类英雄国度,

依靠全体国民英勇无畏的肉身抗疫,

既往感染+疫苗垒起来的免疫力已然高耸~

但是吧,

恕咱直言,

可能并不是每个地方都有这种优越条件。


顺便补充一句,

看完上面Delta和Omicron纷纷病死率跳水的场面

各位是不是觉着,

打完疫苗之后就可以高枕无忧了?

那么就请各位重温一下马立克氏病毒和养鸡场的故事呗~

请看这里:[老文新发]所以,传染病真的一定会越传播越弱鸡吗?

摊手~




三、【新冠流感化】又是什么鬼?


上面咱已经看到了,

Omicron的毒力相对于演化树上的直接祖先们而言,

并没有减弱,反而略有增强~

并且对于预存免疫力薄弱的环节,

杀伤力仍然在持续体现。

所以其实所谓“新冠流感化”的说法,

已然不攻自破了。


但这还没完,

咱不妨假设一下,

万一Omicron真的是减毒毒株的话,

是不是真的能够变身活疫苗,

一举终结大流行?

很遗憾,

还是不行~


请看这里:[含焦量10.0]扶上马,送一程,病毒也要搞共存

以及这里:[勘误重发]论,丧事喜报的艺术(顺便加点料)

以上两个链接总结一下就是,

各种迹象显示,

Omicron已然完成血清表型分化,

已经是一种全新的、独立的血清型了。

Omicron的毒力是高还是低,

跟其他血清型毫无关系。


至于其他血清型,

会不会照着躺平党们写好的剧本走呢?


——今天新鲜出炉的例子,请品鉴:

↑ 在Omicron之后,于11月底全新面世的B.1.640.2变异株

一出场就刷出了67位感染者全体入院,

且全部中症/重症的残暴记录……


——请品鉴:



那么B.1.640家族和Omcron家族会不会相互取代呢?
对不起,各位躺平党们,
你们可能又要失望了~

——请看:

↑ 紫色的曲线就是正在法国暗搓搓刷市占率的B.1.640家族~
呵呵…

最后,
贩卖一点额外的焦虑吧~
血清型分化这种说法,
可能已经一种对局势的低估……
根据帝国理工学院最新出炉的预印本,
(前几天其实已经抢跑过)
Omicron已经把整个入胞机制都改了,
走回了当初SARS1那种,
通过组织蛋白酶辅助胞吞作用侵入细胞的老路

——请品鉴:

↑ 黄色部分代表Delta那种通过TMPRSS2辅助,
走膜融合通路侵入的机制;
绿色部分则代表Omicron这种通过组织蛋白酶辅助,
走内吞体通路侵入的机制。

所以之前各路学术巨咖纷纷测到的,
Omicron在肺部复制效率降低现象,
其实有可能原因在于……
入胞机制变化带来的组织嗜性(tissue tropism)变化。

组织嗜性都变了,

还拿之前的规则来推测毒力增减,

有啥意义呢?


或者说,入胞机制和组织嗜性都变了,

可能就不是血清型分化这种程度的小问题了……

还是坐等ICTV有空开个会,

直接讨论讨论株型吧


哦对了啊,

Omicron的变化,

还不止侵入机制和组织嗜性,

还有……


——请屏住呼吸品鉴:


↑ 上面是Peacock老师他们拿B.1和Omicron刺突蛋白假病毒,

跟表达了各种动物ACE2受体的BHK-21细胞系,

挨个做了亲和度荧光表达测定。


鸡鸡鸡鸡鸡鸡鸡鸡鸡鸡鸡鸡鸡鸡鸡鸡鸡鸡鸡鸡鸡鸡鸡鸡鸡鸡鸡

鸡鸡鸡鸡鸡鸡鸡鸡鸡鸡鸡鸡鸡鸡鸡鸡鸡鸡

鸡鸡鸡鸡鸡鸡鸡鸡鸡鸡


所以,

没想到啊没想到,

最后的最后,

躺平党们居然又一次猜对了!

Omicron真有可能会走上“流感化”的不归路~

只不过,

率先流感化的可能不是毒力,

而是宿主池……




PS.

截止现在,数据还是不算齐整~

Omicron毒力的瓜其实还是不算熟透了,

今天咱只是迫于当初许下的承诺先吃一嘴而已,

等到几个月之后,

流行毒株再次交替,

然后再回头品鉴Omicron的毒力,

说不定更有嚼头


PPS. 明天要爬山,不出意料的话停更一天



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