治病的便便：9文关注粪菌移植研究前沿 | 热心肠日报

今天是第2555期日报。

粪菌移植或可改善造血干细胞移植和白血病化疗患者的肠道菌群失调

Journal of Clinical Oncology[IF:50.717]

① 两个独立队列分别纳入异基因造血细胞移植（HCT）患者74例、接受化疗的急性髓系白血病（AML）患者26例，2:1随机分组至口服胶囊粪菌移植（FMT）治疗和安慰剂组，3个月内最多治疗3次，评估4个月时的全因感染率；② HCT和AML队列中，FMT组与对照组在4个月时的感染密度均无显著差异（0.74 vs. 0.91，0.93 vs. 1.25 例/100患者-天）；③ 较安慰剂，FMT改善抗生素导致的肠道菌群多样性破坏，恢复多种厌氧菌丰度并降低肠球菌属、链球菌属的丰度。

Randomized Double-Blind Phase II Trial of Fecal Microbiota Transplantation Versus Placebo in Allogeneic Hematopoietic Cell Transplantation and AML
05-26, doi: 10.1200/JCO.22.02366

【主编评语】接受同种异体造血细胞移植（HCT）的患者和急性髓系白血病（AML）患者的肠道菌群都被严重破坏，与急性移植物抗宿主病（aGVHD）、免疫重建不良、复发及死亡风险增加有关。粪便微生物群移植（FMT）可以改善肠道生态并对治疗aGVHD有效，但其是否能够改善HCT和AML患者的预后尚不清楚。近日，美国明尼苏达大学及福瑞德·哈金森癌症研究中心研究人员在Journal of Clinical Oncology发表了一项随机、双盲、安慰剂对照的II期试验结果，表明FMT对于HCT和AML患者是安全的，可以改善肠道菌群失调，但相较安慰剂没有降低全因感染率。（@芥末）

国内团队：粪菌移植如何影响系统性红斑狼疮患者的甲基化水平

Journal of Autoimmunity[IF:14.511]

① 纳入14例接受粪菌移植（FMT）治疗的系统性红斑狼疮（SLE）患者，进行外周血全基因组DNA甲基化分析，其中8例为应答组（Rs）、6例为无应答组（NRs）；② Rs组患者FMT后全基因组DNA甲基化增加，血清S-腺苷甲硫氨酸（甲基化供体）水平升高；③ FMT可增加Rs组IFN-γ、IFIH1、EMC8和TRIM58基因启动子区甲基化，但对NRs组IFIH1的甲基化无明显影响；④ 粪菌来源短链脂肪酸水平与DNA甲基化相关，己酸治疗可以上调SLE患者外周血单核细胞的整体甲基化。

Effects of fecal microbiota transplant on DNA methylation in patients with systemic lupus erythematosus
05-11, doi: 10.1016/j.jaut.2023.103047

【主编评语】系统性红斑狼疮（SLE）是一种高度异质性的自身免疫性疾病，其特征是全身多器官损害并伴有自身抗体的过度产生。肠道菌群多样性减少和稳态失调被认为与SLE的发病机制有关。已有临床试验证实粪便微生物群抑制（FMT）可以安全有效治疗SLE，但具体机制尚不明确。中国医学科学院北京协和医学院皮肤病研究所赵明、陆前进及团队近日在Journal of Autoimmunity发表文章，阐明了SLE患者FMT后甲基化组的变化情况，探讨了FMT中菌群-代谢物-甲基化之间的关系，揭示了FMT恢复异常低甲基化而治疗SLE的潜在可能。（@芥末）

魏泓等：全肠菌群移植比粪菌移植更有效改善小鼠结肠炎

Frontiers in Immunology[IF:8.786]

① 在葡聚糖硫酸钠诱导前用全肠菌群移植（WIMT）或粪菌移植（FMT）干预GF级BALB/c小鼠；② 两组均可通过预防体重减轻、降低疾病活动指数和组织学评分减轻结肠炎症状；③ 两组髓过氧化物酶和嗜酸性粒细胞过氧化物酶均显著下调，WIMT组IL-1β水平显著低于FMT组而IL-10水平显著高于FMT组；④ 两组均可通过提供益生菌、保护肠粘膜屏障和调节细胞因子的动态平衡显著降低小鼠结肠炎易感性；⑤ WIMT组中SCFAs和双歧杆菌代谢途径富集使得WIMT比FMT更有效。

Whole intestinal microbiota transplantation is more effective than fecal microbiota transplantation in reducing the susceptibility of DSS-induced germ-free mice colitis
05-09, doi: 10.3389/fimmu.2023.1143526

【主编评语】粪菌移植（FMT）是治疗炎症性肠病（IBD）的一种新兴而有效的治疗方法。此前研究表明，与FMT相比，全肠菌群移植（WIMT）可以更精确地复制群落结构，降低宿主的炎症反应。同济大学上海第十人民医院、华中农业大学魏泓团队近期在Frontiers in Immunology发表研究显示，WIMT可比FMT更有效地降低DSS诱导的无菌小鼠结肠炎易感性。（@芥末）

Cell子刊：粪菌移植用于复发性艰难梭菌感染（综述）

Cell Host and Microbe[IF:31.316]

① 艰难梭菌感染发病机制包括孢子的定植和萌发、分泌毒素和免疫原性因子、与其他致病肠菌互作，其复发（rCDI）与多种危险因素有关；② 粪菌移植（FMT）是rCDI的有效疗法，通过恢复微生物组稳态、胆汁酸和短链脂肪酸介导、免疫介导、表观遗传相关机制发挥作用；③ 但FMT治疗具有传播传染因子的风险、成分不明、缺乏长期安全数据、确切机制不明等缺点，且对少量rCDI患者无效；④ 使用整合多组学方法可深入研究FMT并改善其转化应用。

Beneficial effects of fecal microbiota transplantation in recurrent Clostridioides difficile infection
05-10, doi: 10.1016/j.chom.2023.03.019

【主编评语】粪菌移植（FMT）对预防复发性艰难梭菌感染非常有效。Cell Host and Microbe发表的这篇综述，从生态学、微生物介导的代谢、免疫学和表观遗传学的角度，讨论了FMT的潜在作用机制，探讨了其局限性和未来研究方向。（@mildbreeze）

Cell子刊：粪菌移植成功的关键决定因素（综述）

Cell Host and Microbe[IF:31.316]

① 粪菌移植（FMT）的成功受供体（饮食、菌群丰富度高、富含有益菌株、致病共生菌含量低等）、受体（疾病类型、遗传、免疫状态、菌群组成和丰富度等）和流程（时机、给药途径、剂量和次数、受体的饮食用药等）等多种因素影响；② 初步证据表明，FMT的临床成功可能与供体微生物移植的程度有关；③ 通过微生物组测序和机器学习解析最大化菌株植入的菌群特征，将帮助筛选FMT最佳供体，而慢性疾病可能需要反复的菌群衍生疗法巩固治疗。

Key determinants of success in fecal microbiota transplantation: From microbiome to clinic
05-10, doi: 10.1016/j.chom.2023.03.020

【主编评语】粪菌移植（FMT）在预防艰难梭菌感染复发方面非常有效，但其他菌群失调相关疾病中，其成功率不算很高。Cell Host and Microbe发表的这篇综述梳理了影响FMT成功的关键因素，包括与供受体及移植方案有关的因素，以及微生物组植入的机制，并对未来的研发方向提出了若干见解。（@mildbreeze）

蔡军等：粪菌移植在自身免疫病中的应用（综述）

Journal of Autoimmunity[IF:14.511]

① 影响FMT程序的几个关键点包括供体选择、FMT材料制备、递送方式、受体；② 肠道菌群的改变通过肠屏障损伤、菌群移位、微生物代谢产物改变、分子模拟和免疫细胞异常活化，促进自身免疫疾病；③ FMT治疗的潜在机制包括：恢复肠道菌群的组成和功能、改善肠屏障、减少黏膜炎症、增加特定菌群代谢物、引入噬菌体等非细菌成分、改善局部和全身免疫稳态；④ FMT或可用于多种自身免疫疾病（如IBD、T1D、MS、RA、SLE）的临床治疗。

Fecal microbiota transplantation: Emerging applications in autoimmune diseases
04-26, doi: 10.1016/j.jaut.2023.103038

【主编评语】自身免疫疾病与肠道菌群有密切关系，粪菌移植（FMT）作为一种菌群干预疗法在多种自身免疫疾病的临床治疗方面具有潜力。中国医学科学院阜外医院蔡军团队近期在Journal of Autoimmunity发表综述，讨论了肠道菌群在自身免疫疾病中的作用机制，总结了FMT用于改善自身免疫疾病的潜在机制，以及临床应用和研究现状，并探讨了未来的挑战和研究方向。（@mildbreeze）

燕茹团队：IBD相关的肠道菌群、代谢组、宿主免疫与FMT干预（综述）

Journal of Autoimmunity[IF:14.511]

① 炎症性肠病（IBD）患者存在肠道菌群紊乱，如普拉锁菌、肠罗斯氏菌等有益菌丰度减少，而大肠杆菌、脆弱拟杆菌等潜在致病菌丰度增加；② 肠道菌群代谢物变化，如短链脂肪酸、次级胆汁酸、色氨酸及其代谢物含量下降；③ 抗炎共生菌减少和促炎致病菌增多等菌群紊乱现象导致过度激活的免疫炎症反应；④ 总结近10年27个粪菌移植（FMT）治疗IBD临床试验，表明FMT部分恢复肠道菌群平衡，并抑制宿主炎症反应，但关于代谢组的数据较少，仍需更多研究。

Gut microbiome, metabolome, host immunity associated with inflammatory bowel disease and intervention of fecal microbiota transplantation
05-27, doi: 10.1016/j.jaut.2023.103062

【主编评语】肠道菌群在宿主生理学中发挥着重要作用，直接或通过其代谢物和/或成分对免疫稳态产生深远影响。已知肠道菌群失调与炎症性肠病（IBD）有关，可恢复肠道菌群失衡的粪菌移植（FMT）疗法被越来越多的临床试验应用于克罗恩病和溃疡性结肠炎的治疗。澳门大学燕茹团队在Journal of Autoimmunity发表最新综述，总结IBD患者肠道菌群和代谢组特征改变的最新进展，以及对宿主免疫的影响。同时，归纳近10年将FMT用于治疗IBD的临床试验，推动了肠道菌群-代谢物-免疫轴对FMT治疗IBD的机制理解。（@RZN）

国内团队：筛选粪菌移植供体，警惕耐药菌！

Gut[IF:31.793]

① 多个共识文件及国家指南均支持对供体进行多药耐药菌（MDROs）筛选，如耐万古霉素肠球菌（VRE）、产超广谱β内酰胺酶（ESBL）肠杆菌科、耐碳青霉烯类肠杆菌科（CRE）和耐甲氧西林金黄色葡萄球菌（MRSA）等；② 香港MDROs发病率高，作者所在FMT中心在进行ESBL、VRE、CRE、MRSA及多药耐药鲍曼不动杆菌筛查；③ 新冠流行以来，该中心也在逐步建立SARS-CoV-2检测程序；④ 建议供体选择时选用筛选问卷及实验室检测，并考虑地理文化等其他因素。

Revisiting the donor screening protocol of faecal microbiota transplantation (FMT): a systematic review
05-04, doi: 10.1136/gutjnl-2023-329515

【主编评语】香港中文大学Margaret Ip团队近期在Gut发表短文，总结了目前全球多个共识和指南文件中关于粪菌移植（FMT）供体筛选的举措，特别关注了对多药耐药菌的筛选。（@mildbreeze）

Nature子刊：FDA批准的首款口服粪菌移植药物（新闻）

Nature Medicine[IF:87.241]

① 近期FDA批准了Seres Therapeutics的SER-109，一种口服微生物治疗药物，用于预防艰难梭菌感染的复发；② FDA的决定基于ECOSPOR III试验的结果，该试验招募了182名参与者，他们在12个月内有三次及以上艰难梭菌感染发作；③ 由于SER-109旨在预防复发，参与者只有在完成标准治疗的抗生素治疗并缓解症状后才接受SER-109；④ 8周后，12%接受SER-109治疗的患者复发艰难梭菌感染，明显低于安慰剂组的40%复发率。

First oral fecal microbiota transplant therapy approved
05-22, doi: 10.1038/d41591-023-00046-2

【主编评语】近期Nature Medicine发表了一篇新闻，介绍了FDA批准的一款口服粪菌移植药物。注：微生物疗法公司 Seres Therapeutics 开发了一款粪菌胶囊——SER-109，这是从健康人群肠道菌群中提取并纯化的由厚壁菌门的50种细菌孢子组成的研究性微生物组治疗剂，通过胶囊口服的形式来治疗艰难梭菌感染。（@注册营养师陈彬林）

胡永飞+呙于明等iMeta：鸡肠道菌群发育轨迹及其与宿主代谢的关系

iMeta[IF:N/A]

① 作者通过结合高通量测序和定量微生物组的方法，揭示肉鸡肠道中细菌菌群和真菌菌群发育轨迹；② 鸡肠道菌群呈现出肠段特异的群落类型和生长阶段特异的微生物；③ 不同鸡肠道菌群定殖能力不同，形成不同的发育模式；④ 鸡肠道菌群的发育与血清代谢物变化有关，这凸显了肠道菌群对鸡生长发育的影响；⑤ 肠道菌群和鸡血清代谢物间关联结果只是基于关联分析得到，未来实验验证工作去证实该发现是十分必要的。

Quantitative microbiome profiling reveals the developmental trajectory of the chicken gut microbiota and its connection to host metabolism
04-25, doi: 10.1002/imt2.105

【主编评语】中国农业大学胡永飞、呙于明与团队在iMeta发表研究，作者使用定量微生物组方法研究了鸡十二指肠、空肠、回肠和盲肠在42日龄内菌群演替情况，还使用非靶向代谢组学来研究鸡血清中代谢物随时间变化情况，并构建肠道菌群发育和代谢物间的关联。该研究全面展示鸡生长过程中肠道菌群发育的动态变化，并提供关于肠道菌群对鸡代谢的影响。（@刘永鑫-农科院-宏基因组）

感谢本期日报的创作者：Sunflower，Jack Chen，DMG-Quasimodo，RZN，XLyasby，注册营养师陈彬林，刘永鑫-农科院-宏基因组