2004年1月7日（藏历11月15日），正值阿弥陀佛节日，FW如意宝晋美彭措，于四川省成都市示现涅槃。 虽然在众多成就者的预言中，都有关于上师寿命的授记：有的为60多岁，有的为70多岁，有的为80多岁，但上师本人却曾告诉过弟子：“本来我只能活到67岁，但依靠你们大量放.生、念经祈祷的巨大善根，已经使我住世的时间超过了预计的寿命。其他关于我寿命的授记，只是具有密意的某种缘起，我不可能活到那样的高寿。” 伏藏大师乌坚西绕在去年也曾授记道：上师将于羊年羊月示现圆寂，但当时几乎所有的人，都将他的这句话视为戏言。
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种种迹象暗示尽管在今年阿里美珠上师圆寂之际，为了安慰忧心忡忡的弟子们，上师也曾许下过继续住世的承诺，并安排了下一步的传法计划。但令人遗憾的是，在今年藏历10月，上师传讲《宝性论》之际，却因示现法体欠安，而先后前往马尔康以及成都接受治疗。 种种迹象都一再向我们暗示：事态的发展，并不一定能够尽如人意。 早在今年的极乐法.会期间，上师就曾向五明佛学院的四众弟子，以及各地信众殷殷叮嘱道：“像这样的交流机会，很可能是最后一次，但相信在不久的来世，我们一定会在极乐世界里重逢的。”点击阅读：FW如意宝：凡是完成这些任务的人，必定能往生极乐世界！
在临近圆寂前夕的13日前后，从上师一些不寻常言谈举止中，也隐隐流露出一些即将圆寂的征兆。他老人家曾告诉身边的人：“我本来打算，多留在人世一段时间陪伴门措，但却心有余而力不足。各种各样病魔不断地袭击着，我衰弱已久的残躯。今天暂时制服了这个病痛，明天又出现了另一个症状。这种状况不但不能帮助她，反而让她为我操劳，我的存在已成了她的累赘。她已经30多岁，应刻具有独立支撑的能力了。” 当侍从欣喜的告知上师：“上师的气色很不错，看来这次手术非常成功，您的法体很快就会康复的。” 上师却出人意料的回答说：“这可不一定，看来你们都很傻。” 上师还说道：“过去的高僧大德在圆寂后，法体安放的时间有的为7天，有的为14天，有的为21天。” “华智仁波切曾说过：‘无须上师自为自上师，无须侍从自为自侍从’就是针对象我这样的人而言的，我是多么的幸福啊！” “你们还记得多竹格瓦圆寂时，多钦则仁波切为他作定中唤醒的故事吗？” “临终之前说很多话是没有用的，有的人在命终之际还在为分割遗产而花费心思，真是没有什么价值。” “我的遗嘱早已经说完了。” 虽然上师陆陆续续地谈及以上话题，但他身边的人却怎么也不愿，将这一切与不祥之兆联系在一起。
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安然回归光明法界之中13日，上师兴奋地吟唱了很多道歌，虽然某些词句不是十分清晰，却具有极强的感染力，使周围的人都沉浸在一种，极其宁静祥和的氛围当中。 14日晚上，上师的精神显得尤其充沛，心情也十分愉快，他不断地与身边的人开玩笑，并不时发出爽朗的笑声。 15日清晨6时许，上师告诉随从，他感到身体不适，在医护人员注射了一剂针药之后，上师很快就说到：“现在我感觉很好！” 临近8时，不适的症状又开始出现，上师自言自语的说道：“念诵的时候到了。”然后开始念诵上师一生中最重视的，时刻随身携带的某一特殊续部，此时，不适感似乎倏然消失，上师的面部呈现出一种，极其安详静谧的表情。 9时许，不适感再次出现，上师说道：“我不应躺着，应该坐起来。”在侍从将其身体扶起之后，上师即身体端直不动，双目凝视前方，开始趋入定中，医护人员随即采取了一些医疗措施，9时40分，回返人世的因缘已经远离。 末法时代以佛法的光明之灯，引领世人驶往永恒安乐的一代舵手，众生之大恩怙主——FW如意宝晋美彭措，结束了今生的利众使命，安然回归于本初原始光明法界之中。
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谨记上师为我们留下的遗嘱
虽然上师的色身已经离开了我们，但自上师的法身，中将会幻化出无量的化身，永不停息地利益千秋万代的有缘后人，使他们能够安享佛法的清凉甘露。 作为上师的弟子，我们以能够拥有这样的上师而自豪！大家应该化悲痛为勇气，谨记上师生前为我们留下的遗嘱： “即使有一天我已不在人世，我期望我的弟子们，能够坚定不移地修持并弘扬佛法，力争将佛法的智慧之炬一代代地传下去，这就是对我最好的纪念与报恩。” “在我离世后，我诚恳地希望大家，不要因我的离去而丧失对佛法的信心，五明佛学院还是应该存在下去。”