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两天一夜教您用R语言挖掘TCGA、GEO等公共数据库发表文章(结合生信热点)9月24-25

本班特色


现场完成一篇文章的流程以及所有图表,

至少2个套路的全程实战,让你快速掌握数据挖掘套路

全程实战,全程讲解代码,全部是自己的文章无限回放,

赠送同步视频 建群完善更好的售后服务


课程背景

没有经费做课题,没有实验造图形?其实,聪明人必须学着绕过去,我们不需要经费,完全不需要实验。用R语言挖掘公共数据,发表SCI文章R语言是科研工作者必备技能。本次会议以一篇SCI全文复现为目的,不瞎学R,用R解决科学问题,用R去发现新的临床问题。

授课老师

猴哥:武汉大学博士,副主任医师,讲师,发表SCI论文25篇,历任3家公司数据分析师,100篇meta分析数据分析经验,43场公益讲座授课基础,5年免费答疑的耐心和责任心。主持国家自然科学基金1项,主持省级课题3项、湖北陈孝平科技发展基金会肝胆胰恶性肿瘤研究基金1项、国家级大学生创新创业训练计划项目3项。 


根据自己的专业,找到课题、挖掘机制、锁定标记物

基金中呈现漂亮的图表和前期基础

掌握R语言处理GEO,TCGA数据的所有核心技能

科研绘图的所有技能


学习目标

全程实战,全程讲解代码,全部是自己的文章,重点讲解关键步骤,更多的售后服务,更好的掌握所有技能。最大胆、最全面、最深入人心地直达灵魂地讲解。至少2个套路的全程实战,让你快速掌握数据挖掘套路。现场完成一篇文章的流程以及所有图表。


课程安排

日期
主题
主要培训内容
 
 
 第一天上午

R语言实战入门
R安装
Rstudio安装
3小时掌握R语言
菜鸟如何学习R 语言
R语言数据构成和流程控制
如何用好for循环和apply家族函数
如何转换为可以直接套用代码的数据(数据调整)
文章中的数据清洗和整理
R语言统计和作图简介
R语言无障碍安装和调用
R语言导入和导出
 
第一天下午
R语言模块化技能
GEO数据库从下载、整理、分析、出图、涵义(清除无意义的数据,发表级的热图,最漂亮的火山图,GO分析,KEGG分析,共表达网络)、GEO数据便捷实用的GSEA分析,GEO芯片的探针的注释
 
第一天晚
全代码实战芯片meta分析核心部分
11分的文章实例解析生信联合实验套路
Sun M. Integrated analysis identifies microRNA-195 as a suppressor of Hippo-YAP pathway in colorectal cancer. Journal of Hematology & Oncology. 2017. 10(1):79 (IF=11.059, PMID: 28356122)
芯片数据的检索、下载、预处理
多个GEO芯片联合分析(芯片meta)简介和制作
GEO芯片的探针转化为基因名的N种方法
R语言数据框的调整(掌握tidyr和dplyr)
GE)芯片的差异分析、GO、KEGG、GSEA等
学员练习 (线上指导、配给视频练习)
 
 
 
第二天上午
全代码复现生存相关signature文章核心部分
(A prognostic 4-gene expression signature for patients with HER2-negative breast cancer receiving taxane and anthracycline-based
chemotherapy,Oncotarget, 2017)
GEO数据下载 TCGA数据下载
生存相关signature的筛选和降维(lasso模型和rubust模型等)
批量生存分析
单因素生存分析
多因素生存分析
全代码制图
全代码制表
发表级图表的排版
 
第二天下午
TCGA ceRNA文章发表和制作
Sun M. a comprehensive study based on weighted gene co-expression network analysis and competing endogenous RNA network. Breast Cancer Res Treat. (IF 3.626, PMID: 30715658)
TCGA数据下载和数据库找课题
提取mRNA、IncRNA、MiRNA矩阵
ceRNA网络构建
批量生存分析、单因素、多因素、制表、制图
批量GO、KEGG
实战讲解例文


会务时间

(1)9月24-25日
(2)授课方式腾讯线上
(3)上午:8:30-11:30;下午:14:00-17:00

会务费用

(1)单独参加费用:3200元/人 ;两班连报(和其他班一起报名)6000元/人
(2)发票名目:可开会务费、会议费、注册费、检测费、统计分析服务费等发票。

微信或支付宝扫描二维码支付,通过信用卡/公务卡扣

报名方式

邮箱报名:您编辑您的姓名、手机号码、参加班级发送到
exosomewy@163.com

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