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R可视乎|用R来拼图和排版,告别AI和PS

Editor's Note

合并多幅图形可以使用基础包的par()和layout()以及gridExtra包中的grid.arrange()和cowplot包中的plot_grid()。这里生信交流平台给出了另一种选择(patchwork包)并做了详细的基础介绍

The following article is from 生信交流平台 Author 生信交流平台

简介

拼接图形传统的做法是用AI(Adobe illustrator)或者PS(photoshop)进行拼接。然使用R软件进行可视化拼接是更好的选择。前段时间陆续推出了这类推文。

主要使用基础包的par()layout()以及gridExtra包中的grid.arrange()cowplot包中的plot_grid()。具体可见下面的推文:

R可视乎|合并多幅图形

R可视乎| 混合多个图形

今天小编就给大家介绍一个R包patchwork,作图,拼图,排版一气呵成。下面我们举例说明:

教程

1.安装包

首先我们需要先安装这个R包

#安装patchwork这个包
install.packages("devtools")
library(devtools)
install_github("thomasp85/patchwork")

2.生成四张例图

接下来我们用R自带的mtcars这套数据来举例,先生成四张分别的图片

#加载ggplot2和patchwork包
library(ggplot2)
library(patchwork)

p1 <- ggplot(mtcars) + 
  geom_point(aes(mpg, disp)) + 
  ggtitle('A')

第一张图A, 为散点图

p2 <- ggplot(mtcars) + 
  geom_boxplot(aes(gear, disp, group = gear)) + 
  ggtitle('B')

第二张图B,为箱型图

p3 <- ggplot(mtcars) + 
  geom_smooth(aes(hp, wt)) +
  ggtitle('C')

第三张图C,为拟合曲线

p4 <- ggplot(mtcars) + 
  geom_bar(aes(gear)) + 
  facet_wrap(~cyl) + 
  ggtitle('D')

第四张图D,为柱形图

3. 各种版本的拼图

1. 使用+,全部水平排放

p1+p2+p3+p4+plot_layout(nrow=1)

这里需要注意,如果想四张图都排在一排,这里一定要使用plot_layout(nrow=1)或者plot_layout(ncol=4)来指定行数是1或者列数是4。否则会得到如下的图

p1+p2+p3+p4

原因是,在使用**+**的时候,如果什么都不指定,patchwork默认会尽量使最后的图片呈现为方形,是不是很方~~~

2. 使用—得到第一行两张图,第二行一张图

p1+p2-p3+plot_layout(ncol=1)

会得到下面这张图

这里也可以通过下面的方法实现,条条大路通罗马

(p1+p2)/p3

3. 第一行三张图,第二行一张图,|和/的使用

(p1|p2|p3)/p4

我试了下,| 换成 + 也可以。可能是 | 看上去更容易理解一些吧!

4. 第一行两张图,第二行两张图 

这个其实前面讲过,直接用 + 就可以实现,接下来我们用 /| 来实现

(p1|p2)/(p3|p4)

5. 第一列三张图,第二列一张图

(p1/p2/p3)|p4

6. 自由发挥
其实理解了这里的几个符号(+,-,|,/)的用法之后,可以自由发挥,各种排列组合。

p1 + (
  p2 + (
    p3 + p4 +plot_layout(ncol=1)
    )
  ) + plot_layout(ncol=1)

我们来理解一下代码。首先图C和图D合并成一列,再和图B并排成一行,然后再和图A合并成一列,就可以得到下面这张图啦!

7.空白占位图的使用

有时候排版的需要,我们需要留出一些空白来,patchwork里面就提供这样一个空白的占位图plot_spacer()

(plot_spacer()+p1+plot_spacer())/ (p2+p3+p4)

这里我们使用了plot_spacer()在第一行图A的左右两侧分别留出了两个空位。

拓展

前面给出了一些简单的拓展,如果想进一步学习,可以参考以下几篇其他公众号的推文以及他的官网[1]Rdocumentation[2]以及PDF教程[3]

大佬新包patchwork:可能是迄今为止最优秀的拼图包

patchwork包排版进阶,自定义程度极高的排版包

注:小编对原文进行了小小的修改

参考资料

[1]

官网: https://www.rdocumentation.org/packages/patchwork/versions/1.1.1

[2]

Rdocumentation: https://patchwork.data-imaginist.com/articles/patchwork.html

[3]

PDF教程: https://www.bing.com/search?q=patchwork%20r&qs=n&form=QBRE&sp=-1&pq=patchwork%20&sc=8-10&sk=&cvid=5B39EB1F695F44D1980802D51846501E


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