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大佬新包patchwork:可能是迄今为止最优秀的拼图包

豆豆花花 生信星球 2022-06-25

 今天是生信星球陪你的第497天


   大神一句话,菜鸟跑半年。我不是大神,但我可以缩短你走弯路的半年~

   就像歌儿唱的那样,如果你不知道该往哪儿走,就留在这学点生信好不好~

   这里有豆豆和花花的学习历程,从新手到进阶,生信路上有你有我!

花花写于19.12.2
12月了,广东也加入了降温的群聊。豆豆同学终于扛不住,换上了长裤+毛衣,这就对了嘛,要尊重“12”这个月份。他沉迷于写shiny,好久不写推文了,严重差评。
这周我竟然可以在公司上四天半的班。周末在广州讲一场数据挖掘课,然后今年的全国巡讲只剩下月底(也是年底)的长沙站

以前写过关于拼图的两篇“盘点”

「盘点」R语言的那些拼图方法

「盘点」R语言的那些拼图方法(二)

已经介绍了:

1.par里的mfrow

2.grid.arrange

3.cowplot

4.customLayout

其中customLayout和cowplot是表现更好的。但他们的代码都不够易读,对于复杂的布局显得有些凌乱。

简介

tidyverse可以说是追求代码“易读”的典范,今天介绍的拼图包名为“patchwork”,作者是tidyverse团队成员--Thomas Lin Pedersen,昨天(2019年12月1日)刚刚登上CRAN,新鲜热乎!这样的热点我是很愿意追的,八卦什么的就算啦,虽然能带来阅读量,可我学不到东西。

长得帅的大佬可以拥有寄几的大照,虽然是黑白的:

(不能继续夸了,再夸晚饭就都被豆豆吃了)

博客地址:https://www.data-imaginist.com/2019/patch-it-up-and-send-it-out/

patchwork包官方教程https://patchwork.data-imaginist.com/index.html

总结一下他的功能和优点:

(1)支持直接p1+p2拼图,比任何一个包都简单

(2)复杂的布局代码易读性更强

(3)可以给子图添加标记(例如ABCD, I II III IV 这样)

(4)可以统一修改所有子图

(5)可以将子图的图例移到一起,整体性特别好

简单好用,功能强大,真香!

1.极简入门-拼两张图

横着就"+",竖着就"/"

library(ggplot2)
library(patchwork)
p1 <- ggplot(mpg) + 
  geom_point(aes(hwy, displ))
p2 <- ggplot(mpg) + 
  geom_bar(aes(manufacturer, fill = stat(count))) + 
  coord_flip()
#就是这么优秀:
p1 + p2
p1 / p2

2.多几张图

p3 <- ggplot(mpg) + 
  geom_smooth(aes(hwy, cty)) + 
  facet_wrap(~year)
p1 + p2 + p3
#> `geom_smooth()` using method = 'loess' and formula 'y ~ x'
p4 <- ggplot(mpg) + 
  geom_tile(aes(factor(cyl), drv, fill = stat(count)), stat = 'bin2d')

p1 + p2 + p3 + p4
#> `geom_smooth()` using method = 'loess' and formula 'y ~ x'

继承了矩阵的两个参数”nrow“和"byrow"

p1 + p2 + p3 + p4 + plot_layout(nrow = 4)
#> `geom_smooth()` using method = 'loess' and formula 'y ~ x'

再难一点也不在话下

(p1 | p2) /
  p3
#> `geom_smooth()` using method = 'loess' and formula 'y ~ x'
p1 | (p2 / p3)
#> `geom_smooth()` using method = 'loess' and formula 'y ~ x'
(p1 | (p2 / p3)) + 
  plot_annotation(title = 'The surprising story about mtcars')
#> `geom_smooth()` using method = 'loess' and formula 'y ~ x'

3.可以再复杂一点

大招:layout不用坐标,不用宽高比例,直接用ABCD就行

layout <- '
ABB
CCD
'

p1 + p2 + p3 + p4 + plot_layout(design = layout)
#> `geom_smooth()` using method = 'loess' and formula 'y ~ x'

4.给子图添加标记

啥也不说了,大佬怎么就这么优秀呢?

p1 + p2 + p3 + 
  plot_annotation(tag_levels = 'I')
#> `geom_smooth()` using method = 'loess' and formula 'y ~ x'
patchwork <- (p4 | p2) /
  p1
patchwork + plot_annotation(tag_levels = 'A')

嵌套式的子标题也能搞定

patchwork <- ((p4 | p2) + plot_layout(tag_level = 'new')) /
  p1
patchwork + plot_annotation(tag_levels = c('A''1'))

5.统一修改所有子图

用”&“符号,简单的很

patchwork & theme_minimal()

6.图例管理

走开,图例都给我去右边

patchwork + plot_layout(guides = 'collect')

一样的图例可以只显示一个,但是要让阈值一致

patchwork <- patchwork & scale_fill_continuous(limits = c(060))
patchwork + plot_layout(guides = 'collect')

嗯,不是一般的香!


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