发布 || 百创DG1000单细胞Demo数据更新
单细胞平台DG1000介绍
为了突破单细胞试剂耗材及仪器长期以来的国外技术垄断，降低单细胞应用的成本，让单细胞技术能够惠及更多的科研群体，经过多年潜心研发，百创智造发布自主研发的单细胞微液滴系统-百创DG1000。百创DG1000是基于微流控、油滴包裹和Barcode标记等技术来实现高通量的细胞捕获。除了仪器以外，百创DG1000还有配套的2×4的独立芯片及配套试剂盒。DG1000
轻巧便携：背包即走，携带方便，便于实地取样，应用场景更广 极速：110秒即可完成整个反应，减少环境对细胞状态的应激影响
芯片使用灵活：芯片2X4独立设计，1~8样本灵活上机
兼容更大的细胞直径：最大已成功支持到60 μm 的细胞直径
01
测序reads数据统计
表1 测序reads统计表
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数据比对结果统计
表2 测序数据结果比对统计表
03
数据结果分析
表3 测序数据结果分析统计表
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图像绘制
理想情况下每个油滴中的细胞只有1个，但实验过程中也存在空细胞、2个甚至多个细胞的情况；我们对细胞的UMI总数、和单个细胞鉴定到的基因数目2个指标进行高质量细胞过滤筛选。统计过滤前后各个样本细胞的nGene（number of Gene）和nUMI（number of UMI）占比，结果如下图所示：
图1 过滤前样本中细胞的小提琴图
注：每个点表示一个细胞。nGene图：过滤前各个样本单个细胞中检测到的基因数量分布情况；nUMI图：过滤前各个样本单个细胞中检测到的nUMI分布情况。
细胞中基因表达数目与UMI数目呈现正相关，细胞中检测到的UMI数目越多，表达的基因数目越多。过滤前后相关性分析散点图如下所示：
2、细胞聚类分析
在对细胞进行聚类之前，利用Seurat使用PCA方法对数据进行降维；然后基于SNN聚类算法对细胞进行聚类和分群，构建细胞间的聚类关系；最后将降维后的数据传递到UMAP进行可视化展示，细胞之间的基因表达模式越相似，UMAP图中的距离也越接近。
图4 小鼠皮肤组织降维聚类UMAP图
3、marker基因筛选与可视化
基于降维聚类得到的结果，使用非参数检验方法（wilcox秩和检验），鉴定在每个cluster中特异表达的基因，将Fold Change≥ 2 且Thred < 0.1（parameter is: FDR）作为筛选标准，筛选得到每个cluster最显著的差异基因，即marker基因。每个cluster的top10 marker基因的表达变化热图展示如下。其中LRRC16、BIRC5和CLFAR与癌症发生和细胞凋亡相关。
图5 每个cluster中TOP10的marker基因表达量热图
注：黄色表示高表达，紫色表示低表达，顶部注释条表示cluster名。由于cluster之间的top10的差异基因间可能存在重复，因此实际基因数目可能偏小。精彩回顾
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不忘初芯，百炼成器 | 青岛百创智能智造技术有限公司成立
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孰强孰弱|百创DG-1000单细胞平台VS国外主流平台
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新品上线 | 百创S1000助力空间转录组测序迈进亚细胞时代
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干货|百迈客单细胞 & 空间转录组专题系列
百迈客生物(BioMarker)成立于2009年5月，是一家高新技术企业，公司基于功能基因组学的BT+IT(高通量基因测序技术、生物信息技术、高性能生物云计算技术)技术，拓展出了科技服务、生物云平台、智能制造三大业务板块；拥有以博士和硕士为主体的研发、生产团队；公司自成立以来，注重创新发展，科研成果成果层出不穷，先后在《Nature》、《Cell》、《Nature Genetics》等国际著名期刊上发表高质量合作文章近千篇，累计影响因子超过4500分。拥有国家发明专利技术60余项，软件著作权近200项。公司拥有Illumina、PacBio、Nanopore、BioNano、AB SCIEIX QTRAP, Waters Q-TOF等全面的测序平台，满足科研工作者多种科研需求，努力打造基因产业国际一流企业，“为世界创造新的可能！”