[变异毒株]2022年2月12日，Omicron最新情况汇总
❶ 前言
——请品鉴：
UKHSA：可去尼玛的吧，赶紧删掉拉倒，劳资直接憋预印本去
❷ 重组狂潮
正如之前抢跑的一样，
Delta/Omicron重组事件还在持续冒头~
截止今天已经发现了13组独立的缝合怪……
——请品鉴：
XA（B.1.1.7缝合B.1.177）；
XB（B.1.631缝合B.1.634）；
XC（B.1.1.7缝合B.1.617.2）；
英国某组未命名的B.1.1.7缝合B.1.617.2；
以及韩国某组没命名的B.1.617.2缝合B.1.620。
虽然已经有十几起重组事件，
但目前为止，最大的一组也没有超过十个序列，
说明这些缝合怪的战力可能暂时不算太强，
还不足以掀起大风浪。
但这一点本来就是正常现象。
变异株憋大招，
是一场残酷的内卷，
千挑万选也不过是起步价而已，
相对来说，
居然有十几组缝合怪可以在残酷的体内适应性竞争当中脱颖而出，
被采样率不足5%的全基因组测序逮住，
并且上传到了GISAID数据库，
这已然很不寻常了~
并且，重组作为冠状病毒招牌的突变机制之一，
之所以值得关注，
主要原因并不是每一个单独的缝合怪有多么可怕，
而是因为……重组机制本质上是一发wildcard，
是一种可以小概率实现跃迁式变异（saltation）的、
几乎无法跟踪检测的变异方式。
况且，Omicron一家三口全都是重组产物，
B.1.640一家两口也大概率是重组产物，
这些阴间变异株的存在，
其实已经证明了，
重组是一种有望通往大道的修炼法门~
（或者，相对来说，更司空见惯的抗原漂移反而多半没戏……）
具体到现有的这十几个例子而言，
我们已经可以粗略地归纳出，
Omicron和Delta的相互缝合，
通常模式都是Delta占据5'端（用人话来说就是上游），
而Omicron则占据3'端（下游）；
两边的楚河汉界，
一般出现在非结构蛋白NSP14到刺突蛋白NTD结构域那一小撮地方……
——请品鉴（粉色方框就是重组热点）：
这就相当于说，
新的缝合怪通常会继承Omicron的刺突蛋白（以及N、E、M等），
并继承Delta的大部分ORF1ab基因。
或者又可以相当于说，
缝合怪的免疫逃逸属性大概率会跟Omicron更接近，
复制等属性则有可能跟Delta接近~
（似乎不是啥好兆头……）
❸ BA.2、BA.2、BA.2！
正如之前一直预报的一样，
BA.2已经在多个国家一桶浆糊，成为主流毒株~
具体来说，至少包括：
丹麦、印度、菲律宾、南非、瑞典、新加坡、巴基斯坦、奥地利、孟加拉、柬埔寨、格鲁吉亚、尼泊尔、挪威、卡塔尔和斯里兰卡。
其中最夸张的，莫过于南非……
——请品鉴：
↑ 暗搓搓地就飙到100%了可还行？
——然后丹麦也快封顶了：
而对于那些BA.2暂时没有一桶浆糊的地区，
增长率也异常稳定~
——比如说，美帝：
——再比如说，英帝：
——以及，法国：
——又及，加拿大：
不过，万事都有例外，
BA.2的问题上，
最大的例外可能是德国……
——请品鉴：
↑ 上图用的德语，
所以咱简单解释两句~
照惯例，纵轴是流行率，横轴是日期；
然后几种颜色的小圆点分别是：
Delta（蓝色）；
BA.1（橙色）；
BA.1.1（绿色）；
BA.2（红色）；
以及BA.3（紫色）。
所以明显可见，
BA.2和BA.1.1增幅几乎打平手……
BA.3蠢蠢欲动……
Delta百足之虫死而不僵
❹ 代际间隔之殇
在上一次更新里面，
咱根据UKHSA和丹麦血清研究所的两份数据初步说明了，
BA.2的传染性可能比BA.1高25%左右
（请看这里：2022年1月31日，Omicron最新情况汇总）
而事实证明，这个说法可能不算准确…
BA.2确实有相对于BA.1的增长优势，
但这一相对增长优势背后的原因可能不是传染性（以R0来表征），
当然更不是免疫逃逸，
而是最焦虑的一种可能性……代际间隔
——昨天UKHSA技术简报的原文，请品鉴：
摘译成人话：
BA.1的平均序列间隔是3.72天（95% CI: 3.62, 3.80），中位数序列间隔则是3.27天（95% CI: 3.17, 3.36）。
当然了，以英国拉胯的流调能力，UKHSA只能摸清楚序列间隔（原发病例到续发病例之间，发病时间的间隔），而没法直接确认代际间隔（原发病例到续发病例之间，感染时间的间隔）。所以还不能算绝对的实锤，但通常来说，序列间隔和代际间隔是高度相关的，几乎不会出现一个变短而另一个不变的情景……
总之，之前咱们已经简单提到过，代际间隔是决定病原体倍增速度的最主要因素，几乎没有之一；咱们也简单提到过，BA.1的代际间隔已经比Delta略微缩短了……咱们还简单提到过，代际间隔足以对非药物干预式防疫策略造成非常显著的影响，比如当年风风火火搞清零可惜中道崩殂的越南，就是针对代际间隔缩短，没能及时调整策略的负面典型
——请看：
哦对了，说到香港和BA.2，顺便插播一句~咱很早之前八卦过的那种，清零地区被击穿之后，由于瓶颈效应而迅速催生新变异株的现象，已经在香港上演了……
香港独家限量版BA.2已诞生，比原版多出了一个刺突蛋白突变（I1221T）和一个ORF1a突变（T4087I），并且是截至目前BA.2演化树下第二大的拥有额外刺突蛋白突变的分支
——请品鉴：
❺ 拉胯的单抗
好消息——BA.2和BA.1有一定的交叉免疫保护；
早就猜到的坏消息——BA.2的免疫逃逸能力跟BA.1差不多；
出乎意料的坏消息——虽然免疫逃逸能力差不多，但欧美单抗届的独苗Sotrovimab，对BA.2基本无效
下面详八~
首先是交叉免疫部分，
请看哈佛大佬Barouch老师团队的最新预印本~
——请品鉴：
标题：
时间紧任务重，
咱直接进入一图秒懂环节~
——请品鉴：
然后，接种两针BNT疫苗6个月后，
对BA.1和BA.2的中和抗体滴度双双跌破检出限……
最后，接种第三针后两周的血清，
然后啊，明明说好的8位康复者，
为啥数来数去只看到7个小圆点？
——元芳，拿放大镜来：
↑ MMP……
原来第八位，
也就是唯一没接种疫苗的那位，
他的康复期血清对B.1、BA.1和BA.2都毫无反应
而且按照Barouch老师的说法，
这位倒霉鬼因为重症肺炎在鬼门关逛了一圈才被抢救回来……
那么说好的症状越严重中和抗体水平越高呢？
为咩这位完全没有发生seroconversion……
这到底是因为小概率的seroconversion failure呢？
还是因为BA.1免疫原性低到令人发指呢？
又或者是因为其他什么更为焦虑的原因？
（比如说生发中心障害
以上预印本原文请看：
Comparable Neutralization of the SARS-CoV-2 Omicron BA.1 and BA.2 Variants
Jingyou Yu et al,
medRxiv 2022.02.06.22270533; doi: https://doi.org/10.1101/2022.02.06.22270533
接下来咱继续品鉴单抗拉胯的部分~
——请看：
哥大巨咖何大一老师团队的最新预印本一枚，标题：
——咱继续直奔一图秒懂环节：
↑ 何老师版本的假病毒中和试验，
这次是B.1株/BA.1/BA.1.1/BA.2分别对阵康复者血清/Moderna两针/BNT两针/以及三针。
简而言之就是，
跟上面Barouch老师的结果差不多，
BA.1和BA.2免疫逃逸能力基本打平~
但是啊但是，
针对疫苗血清打平，
不一定等于针对单抗也打平……
（对躺平党们而言）最焦虑的结果来了，
——请品鉴：
把高亮部分翻译成人话：
不过，各位也不用为西方各国各地区权贵阶层担心啦~无单抗可用的境地，显然是他们没法接受的……就在何老师这篇预印本面世的第二天，FDA火速批准了礼来第二代单抗（LY-CoV-1404）的EUA申请~所以权贵们还是有特效药可用
（至于普通围观群众……再等等吧，现在还在产量瓶颈期呢）
❻ 血流成河图（误）
最后照惯例，
走几张疫情图表呗~
至于想看血流成河的就免了……
现如今各国triage技术越来越炉火纯青，
血流成河景象估计轻易看不到了。
——首先，南非，请品鉴：
↑ 南非下跌趋势放缓，
部分省份略有回升，
至于死亡人数……据说又双叒叕是校正回归
呵呵~
——然后，日本（BA.2接棒成功）：
——以色列：
——丹麦（BA.2接棒成功）：
——芬兰（BA.2接棒成功）：
——加拿大：
——美国：
——土澳：
——土耳其：
——挪威：
——最后，（发重了不好意思LOL）：