• citespace 的基本术语与下载安装

• R语言分析技术

• 扩增子专题

• 基于phyloseq的微生物群落分析

• 代谢组专题

• 当科研遇见python

• 科学知识图谱

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• 什么是citespace

• cite space的基本术语

• cite space的下载安装

• 结束语

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什么是citespace

CiteSpace：2004年陈超美教授使用Java语言开发了CiteSpace信息可视化软件。CiteSpace软件的主要灵感来自库恩（ThomasKukn，1962）的科学结构的演进，主要的 观 点 认 为 “ 科 学 研 究 的 重 点 随 着 时 间 变 化 ，有些时候速度缓慢（incrementally）有些时候会比较剧烈（drastically）”，科学发展是可以通过其足迹来从已经发表的文献中提取的。 

引文空间是一款着眼于分析科学分析中蕴含的潜在知识，是在科学计量学、数据可视化背景下逐渐发展起来的一款引文可视化分析软件。由于是通过可视化的手段来呈现科学知识的结构、规律和分布情况，因此也将通过此类方法分析得到的可视化图形称为“科学知识图谱”。

我们在这里提供不同版本的citespace软件包供大家下载： 微信后台输入：citespace 得到

cite space的基本术语

Betweenness centrality：中介中心性是测度节点在网络中重要性的一个指标 （此外还有度中心性、接近中心性等）。CiteSpace中使用此指标来发现和衡 量文献的重要性，并用紫色圈对该类文献（或作者、期刊以及机构等）进行 重点进行标注。

Burst 检测：突发主题（或文献、作者以及期刊引证信息等）。在 CiteSpace中使用Kleinberg, J（2002）年提出的算法进行检测。

Citation tree-rings：引文年环–代表着某篇文章的引文历史。引文年 轮的颜色代表相应的引文时间，一个年轮厚度和与相应时间分区内 引文数量成正比。

阈值，在数据处理中CiteSpace会按照用户设定的阈值提取出各个时间切片满足 的文献，并最后合并到网络中 

cite space的下载安装

安装cite space只需要三部（这里仅指windows系统的安装教程）

第一步登录cite space的下载页面，具体网址如下

http://cluster.ischool.drexel.edu/~cchen/citespace/download/ 

在安装citespace之前，建议首先在Download Java JRE的链接中下载符合自己电脑位数的Java程序。可以直接右击桌面“我的电脑”图标，点击属性查看即可。

第二步选择自己想下载的版本点击Download Citespace/ 7z,此时会提示保存下载的.7z文件。 

第三部解压下载的压缩文件，新版本的citespace对之前的程序进行了打包处理，因此现在的软件解压后仅仅包含4个文件，citespace不需要进一步安装，解压后直接运行即可，cite space就安装好了。 

结束语

接下来会分几个章节分别介绍cite space的数据采集和预处理、界面功能介绍、科学合作分析、主题领域共现分析、共被引分析，以及一些使用过程中我所遇到的一些问题。

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历史目录

R语言分析技术

1. 《扩增子16s核心OTU挑选-基于otu_table的UpSet和韦恩图》

2. 《分类堆叠柱状图顺序排列及其添加合适条块标签》

3. 《R语言绘制带有显著性字母标记的柱状图》

4. 《使用R实现批量方差分析(aov)和多重比较(LSD)》

5. Rstudio切换挂载R版本及本地安装一些包

6. 玩转R包

扩增子专题

1. 《16s分析之Qiime数据整理+基础多样性分析》

2. 《16s分析之差异展示（热图）》

3. 迅速提高序列拼接效率，得到后续分析友好型输入，依托qiime

4. https://mp.weixin.qq.com/s/6zuB9JKYvDtlomtAlxSmGw》

5. 16s分析之网络分析一(MENA)

6. 16s分析之进化树+差异分析（一）

7. 16s分析之进化树+差异分析（二）

8. Qiime2学习笔记之Qiime2网站示例学习笔记

9. PCA原理解读

10. PCA实战

11. 16s分析之LEfSe分析

基于phyloseq的微生物群落分析

1. 开年工作第一天phyloseq介绍

2. phyloseq入门

代谢组专题

1. 非靶向代谢组学数据分析连载（第零篇引子）

2. 非靶向代谢组学分析连载（第一篇：缺失数据处理、归一化、标准化）

当科研遇见python

科学知识图谱

杂谈

1. 我的生物信息之路

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