Lancet专题：3文+2图读懂功能性胃肠病 | 热心肠日报
今天是第1622期日报。
Lancet：一文读懂功能性胃肠病（综述）
Lancet[IF:60.392]
① 功能性胃肠病（FGID）可影响多达40%的人，包括肠易激综合征、功能性消化不良、功能性便秘等疾病；② 其病理生理学很复杂，主要涉及双向肠脑互作失调，常有心理共病；③ 其它参与FGID疾病发生的因素还有肠道菌群失调、黏膜免疫功能改变（低度肠道炎症、肠道通透性增加、免疫活化）、内脏高敏和胃肠动力异常；④ FGID的诊断主要基于症状和对其它疾病的排除；⑤ 治疗主要是针对症状进行管理，同时考虑患者的社会心理因素，并对心理共病进行治疗。
Functional gastrointestinal disorders: advances in understanding and management
10-10, doi: 10.1016/S0140-6736(20)32115-2
【主编评语】Lancet近期发表功能性胃肠病（FGID）系列综述，一共3篇。本文是该系列的第一篇综述，对FGID的流行病学、病理生理学、诊断和治疗等进行了详尽的介绍，明确指出了肠-脑互作障碍是该疾病的主要特征，阐述了FGID的生物心理社会学模型和肠道免疫激活模型。有兴趣的读者可以结合该系列的另两篇综述一同阅读。（@mildbreeze）
Lancet：一文+一图读懂肠易激综合征（综述）
Lancet[IF:60.392]
① 肠易激综合征（IBS）患病率约5-10%，症状包括腹部疼痛，伴有大便性状或次数的改变；② 急性肠道感染是明确的风险因素，心理共病患者和年轻成年女性也有更高的IBS风险；③ IBS可源于肠脑沟通紊乱，导致胃肠运动障碍、内脏高敏和大脑变化，遗传、菌群失调、粘膜和免疫功能紊乱等也是潜在因素；④ 没有报警症状时，可根据临床病史进行检查和诊断；⑤ 共情是治疗的关键，其它疗法包括患者教育、饮食干预、可溶性纤维等，严重者可进行药物和心理治疗。
Functional Gastrointestinal Disorders 2 - Irritable bowel syndrome
10-10, doi: 10.1016/S0140-6736(20)31548-8
【主编评语】本文是Lancet近期发表的功能性胃病系列综述的第2篇。这篇综述主要讲解了肠易激综合征，从流行病学、风险因素、病理生理学、临床表现和诊断、对患者的影响、治疗方法等方面，进行了详尽的总结，并专门制作了精美的图片能让人一目了然地抓住文章的精华所在，我们特别将其编译为一图读懂，希望能助你涨知识。（@mildbreeze）
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Lancet：一文+一图读懂功能性消化不良（综述）
Lancet[IF:60.392]
① 约16%的人患有功能性消化不良（FD），以无器质性病变的上腹痛和餐后不适等症状为特征；② 风险因素有心理共病、急性胃肠炎、女性、吸烟、非甾体抗炎药物史和幽门螺杆菌（Hp）感染；③ FD可与肠脑轴紊乱有关，导致消化道运动功能障碍、内脏高敏感性，以及菌群、粘膜和免疫功能及大脑生理过程的改变；④ 内镜检查应限于≥55岁或有其它症状者（如体重减轻、呕吐）；⑤ 可采用Hp根除术、PPI、H2受体拮抗剂、促动力药和中枢神经药物等进行治疗。
Functional Gastrointestinal Disorders 3 - Functional dyspepsia
10-10, doi: 10.1016/S0140-6736(20)30469-4
【主编评语】本文是Lancet近期发表的功能性胃病系列综述的第3篇。这篇综述对功能性消化不良的方方面面进行了详细的介绍，并专门制作了精美的图片能让人一目了然地抓住文章的精华所在，我们特别将其编译为一图读懂，希望能助你涨知识。（@mildbreeze）
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Nature子刊：细菌和古菌从域到种的完整分类新方法
Nature Biotechnology[IF:36.558]
① 作者通过根据平均核苷酸同源性(average nucleotide identity，ANI)去选择物种代表基因组，将GTDB涵盖的所有基因组识别为数量明确的物种簇(Species clusters)；② 作者将未分配命名的物种簇的基因组识别为全新的物种簇，并根据基因组质量选择具有代表性的基因组作为有效的命名模式物种；③ 本文提供了一个完整的基于基因组的分类法，其中所有基因组都具有从域到种的分类，并建立了用于限制物种的代表性基因组。
A complete domain-to-species taxonomy for Bacteria and Archaea
05-04, doi: 10.1038/s41587-020-0501-8
【主编评语】大约40%的基因组在GTDB (Genome Taxonomy Database，基因组分类数据库)中缺乏种名。作者通过使用公认的平均核苷酸同源性(ANI)标准来设置物种界限，解决了这一局限，并提出包含所有公共可获得的细菌和古细菌基因组的物种簇。与以前的平均核苷酸同一性研究不同的是，作者选择了一个代表性的基因组作为有效命名法“类型”定义每个物种。在提议的24,706个物种簇中，有8,792个基于公开的名称，作者为剩余的15,914个物种簇分配了占位符名称，以为越来越多的未培养物种的基因组提供名称。这个资源为细菌和古细菌基因组提供了一个完整的从域到种的分类学框架，这将促进对未培养物种的研究并改善科学成果的交流。（@刘永鑫-中科院-宏基因组）
Nature子刊：命名不可培养的古菌和细菌的两条路径（共识）
Nature Microbiology[IF:15.54]
① 国际原核生物命名法（ICNP）目前仅针对可培养的原核生物（细菌、古菌等），为解决对不可培养的原核生物进行稳定命名的问题，提出两种方案；② 一种是对ICNP做出修改，将DNA序列视为可接受的类型材料；③ 另一种是创造国际不可培养原核生物命名法（ICNUP），为不可培养的原核生物建立基于DNA的分类和命名规范，最终可与ICNP合并；④ 该路线图为单扩增基因组和宏基因组组装基因组的命名提供了路径，其完善和执行需要科学界的共同努力。
Roadmap for naming uncultivated Archaea and Bacteria
06-08, doi: 10.1038/s41564-020-0733-x
【主编评语】随着DNA测序技术的广泛应用，人们发现了大量不可培养的古菌和细菌，对于这些原核生物的命名目前仍缺少清晰、稳定的规则。为解决这一问题，在Nature Microbiology上发表的一篇共识声明文章提出了包含两条路径的路线图，并呼吁学界共同努力来完善和推进相关工作，推荐专业人士参考。（@mildbreeze）
马曦团队：营养、菌群与肠道表观遗传调控（综述）
Critical Reviews in Food Science and Nutrition[IF:7.862]
① 营养干预、益生菌、菌群移植和健康生活方式，通过肠道菌群调节肠道和远端器官的健康；② 肠道菌群能直接或间接地调控肠道表观遗传修饰（核酸甲基化、miRNA、组蛋白乙酰/基化和血清素化等），从而介导菌群与肠粘膜屏障之间的“对话”；③ 例如：乳杆菌和双歧杆菌可合成叶酸，增加肠道DNA甲基化和mRNA的N6-甲基腺嘌呤修饰，确保肠道正常发育；④ 梭菌、厌氧棒状菌和真杆菌可产生丁酸，诱导组蛋白乙酰化修饰，促进肠道的发育和免疫平衡；
Dietary nutrients shape gut microbes and intestinal mucosa via epigenetic modifications
10-12, doi: 10.1080/10408398.2020.1828813
【主编评语】肠道菌群可以通过多种机制与宿主发生相互作用，从而影响宿主健康。中国农业大学马曦团队近期在Critical Reviews in Food Science and Nutrition，详细介绍了饮食等干预方法对肠道菌群的塑造作用，重点探讨了菌群对肠道的表观遗传调控机制，并对未来的发展进行了展望，值得专业人士参考。（@mildbreeze）
肠道菌群研究和应用——仍需稳扎稳打（社论）
Current Biology[IF:9.601]
① 微生物是我们体内的重要组成部分，但随着微生物组领域愈发热门，研究和医学界、保健品行业以及普通大众都对其效用有了过高的期待；② 许多论断缺乏有力证据：益生菌对肠道微生物组的作用潜力是不确定的，粪菌移植也仅取得了有限的成功，对肠道微生物组研究的设计和解释也受到批评；③ 肠道微生物操纵宿主行为的可能性亦受到质疑，从进化的角度或能带来新的启发；④ 对此该领域接受了这些批评，将以更严谨的姿态迸发活力。
Gut check
10-05, doi: 10.1016/j.cub.2020.09.003
【主编评语】肠道菌群与人体健康的关系，已开始受到大众的关注。Current Biology近期发表的社论文章，对肠道菌群研究和转化方面的现状和问题进行了探讨。作者认为这一领域发展得太快了，以至于有些论调可能已经超过了证据，特别是在转化应用方面，仍有大量的研究工作需要完成。鉴于微生物组研究的复杂性，作者主张采用简化论的方法，来研究菌群内微生物之间的互作以及与宿主的互作机制。（@mildbreeze）
印度中部人群的肠道细菌和病毒组成和功能
Gut Microbes[IF:7.74]
① 纳入印度中部城市和农村105人，用宏基因组学方法研究肠道细菌和病毒/噬菌体的组成和功能，并评估抗生素耐药性和艰难梭菌感染（CDI）等腹泻疾病的情况；② 肠道的细菌和病毒组成有明显的城乡差异，地域影响大于腹泻状况；③ CDI在城市居民中更常见，且其菌群中富集代谢工业化合物的通路和抗第三代头孢菌素和碳青霉烯类药物的耐药基因；④ 菌群中噬菌体的差异与细菌组成的变化有关，农村居民富含的噬菌体中富集碳和氨基酸能量代谢通路。
Metagenomics Reveals Impact of Geography and Acute Diarrhoeal Disease on the Central Indian Human Gut Microbiome
05-27, doi: 10.1080/19490976.2020.1752605
【主编评语】Gut Microbes上发表的一项研究，分析了印度中部城市和农村人群的肠道细菌和病毒的组成、功能和耐药组，以及地理、腹泻等因素对菌群的影响。（@mildbreeze）
围产期母鼠摄入低聚半乳糖可影响后代大脑和行为
Brain Behavior and Immunity[IF:6.633]
① 研究在产前和哺乳期给母鼠补充Bimuno®低聚半乳糖（B-GOS）对后代的大脑和行为的影响；② 母鼠补充B-GOS可以增加断奶小鼠的探索行为并降低海马谷氨酸受体基因的表达；③ 产后补充B-GOS（而非产前）改变后代肠道代谢特征，增加粪便丁酸和丙酸水平；④ 在成年的后代小鼠中，围产期母体B-GOS摄入增加了雌性后代的皮质谷氨酸受体亚单位和社会偏好，并减轻了焦虑；
Mom’s diet matters: Maternal prebiotic intake in mice reduces anxiety and alters brain gene expression and the fecal microbiome in offspring
10-05, doi: 10.1016/j.bbi.2020.09.034
【主编评语】Brain Behavior and Immunity近期发表的一项小鼠研究表明，围产期母体补充低聚半乳糖，或能对后代的大脑基因表达和行为产生有益影响。（@mildbreeze）
感谢本期日报的创作者：mildbreeze，刘永鑫-中科院-宏基因组，huayang，营养师陈彬林，黄思思，白蓝木，Unbroken
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