4月，最值得看的30篇肠道健康文献！
今天是第1090期日报。
NEJM：阿司匹林可降低糖尿病患者的血管事件风险，但可增加出血风险
New England Journal of Medicine[IF:79.258]
① 15480名糖尿病患者濉分分为2组，每日服用100mg阿司匹林或等量安慰剂，平均随访7.4年；② 阿司匹林组患者的严重血管事件发生率显著低于安慰剂组患者（8.5% vs. 9.6%）；③ 阿司匹林组的出血事件显著高于安慰剂组（4.1% vs. 3.2%），主要是胃肠道出血及其它颅外出血；④ 阿司匹林组与安慰剂组的胃肠道癌症或其它癌症发生率无显著差异；⑤ 阿司匹林可降低糖尿病患者的严重血管事件风险，但可增加出血风险。
Effects of Aspirin for Primary Prevention in Persons with Diabetes Mellitus
2018-08-26, doi: 10.1056/NEJMoa1804988
【主编评语】糖尿病与心血管事件的风险增加相关。《New England Journal of Medicine》上发表的一项最新研究发下，糖尿病患者每日服用阿司匹林，虽然可显著降低严重血管事件的风险，但同时也增加了出血的风险。（@沈志勋）
张抒扬+张晨虹等：不同冠心病严重程度人群的肠道菌群和血清代谢组学关联性分析
Microbiome[IF:9.133]
① 通过对160名冠心病患者和40名健康人进行多组学分析，发现肠道菌群和血清代谢物随着冠心病（CAD）严重程度发生变化；② 确定了与CAD严重程度相关的29个血清代谢物模块；③ 分析并鉴定了与CAD严重程度相关的肠菌CAG；④ 特定菌群可能通过影响宿主的代谢途径，影响患者动脉粥样硬化严重程度；⑤ 基于上述微生物和代谢物所构建的疾病分类器，不仅可以在另一验证队列中准确区分疾病与健康人群，甚至可以用于鉴别不同的冠心病亚组。
Alterations in the gut microbiome and metabolism with coronary artery disease severity
04-26, doi: 10.1186/s40168-019-0683-9
【主编评语】北京协和医院张抒扬团队与上海交大张晨虹近期在《Microbiome》合作发表研究，发现不同亚型冠心病患者的肠道菌群和血清代谢物存在差异，并通过多组学关联分析探讨了肠道菌群可能通过影响宿主代谢进而影响了动脉粥样硬化的进程。该研究揭示了肠道菌群在心血管疾病中的作用，为其作为冠心病诊断预防的新型靶标提供依据。（@小肠君）
Lancet：临床指标+肠道菌群/肠道基因表达，预测小儿结肠炎治疗应答
Lancet[IF:53.254]
① 纳入约400名新诊断儿科溃疡性结肠炎患儿，进行标准化结肠炎治疗和评估；② 150例第52周达到无需皮质类固醇治疗的缓解效果，74例升级为免疫调节剂，123例抗TNFα治疗，25例结肠切除术；③ 抗菌肽基因谱、瘤胃球菌科与萨特氏菌属的丰度与无需皮质类固醇治疗的缓解相关；④ 预测对生物疗法的反应可考虑肠道菌群和宿主肠道基因表达的变化；⑤ 早期使用美沙拉嗪或皮质类固醇，可在第4周用这些疗法作为第52周结果的预测因子，及时引入额外的药物治疗。
Clinical and biological predictors of response to standardised paediatric colitis therapy (PROTECT): a multicentre inception cohort study
03-29, doi: 10.1016/S0140-6736(18)32592-3
【主编评语】Lancet上发表的一项队列研究结果，对约400名小儿溃疡性结肠炎患者对标准化治疗的应答进行了评估，发现可结合临床指标及生物学特征（特定肠道细菌丰度、肠道基因表达等），预测患儿对标准化治疗的应答。（@沈志勋）
Nature Reviews：关注生物钟与新陈代谢
Nature Reviews Molecular Cell Biology[IF:35.612]
① 哺乳动物拥有多种系统和分子机制，将生物钟与从细胞器到整个生物体的所有水平的代谢联系起来；② 细胞都配备昼夜节律振子，由主时钟控制，通过控制代谢通路的限速步骤赋予单个细胞和器官节律性；③ 昼夜节律调节营养、能量和氧化还原水平信号；④ 昼夜节律和代谢间的互作很广泛，节律失调会引起各种病理现象；⑤ 今后需整合代谢途径和生物钟研究，研究潜在分子机制，扩展相关代谢途径库，开发新模型解决昼夜节律代谢紊乱的病理后果。
Crosstalk between metabolism and circadian clocks
01-11, doi: 10.1038/s41580-018-0096-9
【主编评语】哺乳动物的昼夜节律影响新陈代谢。《Nature Reviews Molecular Cell Biology》发表一篇综述，系统性讨论哺乳动物新陈代谢和生物钟之间的相互作用以及各种潜在的机制，涉及饮食、菌群代谢以及各种代谢相关疾病，值得参考。（@小肠君）
微生物节律性对宿主生理的影响
EMBO Reports[IF:8.749]
① 宿主可通过生物钟机制（肠上皮蠕动、分泌等）和进食行为影响肠道菌群的昼夜活动，而昼夜变化的菌群反过来也会影响宿主的节律性行为；② 昼夜节律的破坏增加了宿主对病毒和细菌的易感性，而菌群可通过生态竞争帮助抵抗病原菌的入侵；③ 由生物钟破坏引发的代谢紊乱可能是因为菌群组成和功能的畸变造成的；④ 正常肝功能的维持和癌症的发生也与微生物节律相关；⑤ 将来有必要增进对菌群节律性在宿主生理和疾病中作用的了解。
Microbiome diurnal rhythmicity and its impact on host physiology and disease risk
03-15, doi: 10.15252/embr.201847129
【主编评语】Eran Elinav等人近期在《EMBO Reports》发表综述，回顾总结了昼夜节律是人体和微生物共同具有的生理特征，现代生活破坏了生物钟，可导致肥胖、糖尿病、癌症和多种神经退行性疾病，而这些疾病又与菌群生态失衡也存在密切关系。宿主-菌群之间相互作用的节律性也可能对疾病产生重要影响。（@高春辉）
Cell：寻找影响宿主生理的菌群代谢物
Cell[IF:31.398]
① 利用单菌株培养和G蛋白偶联受体（GPCR）的配体筛选系统PRESTO-Tango，从IBD患者的肠道菌群中筛选出144株菌株，其代谢产物可活化人类GPCR；② 菌群代谢产物激活的GPCR中，包含许多之前未找到配体的孤儿GPCR；③ 筛选到的菌株中，摩氏摩根菌可将膳食组氨酸转化为组胺并影响结肠蠕动，还可转化L-苯丙氨酸为强效精神活性物质，在有单胺氧化酶抑制剂时引发苯乙胺中毒；④ 肠道细菌产生的必需氨基酸L-苯丙氨酸，是GPR56和GPR97的受体激动剂。
A Forward Chemical Genetic Screen Reveals Gut Microbiota Metabolites That Modulate Host Physiology
04-18, doi: 10.1016/j.cell.2019.03.036
【主编评语】肠道菌群产生大量代谢产物。《Cell》近期发表研究，利用但菌株培养技术和G蛋白偶联受体（GPCR）的配体筛选系统，筛选出可产生GPCR配体的144株肠道细菌，并分析了其代谢物对宿主生理活动的影响。该研究提供了一种高通量筛选GPCR配体、研究肠道菌群-代谢物-宿主互作的平台。（@小肠君）
张和平团队：益生菌的作用与摄入者的年龄有关
Frontiers in Immunology[IF:5.511]
① 90只狗按年龄分为年长（>5岁）、训练期（9月-2岁）和幼年（<8月）三组，每组内实验组连续20天食用含3株益生菌的复合物的食物；② 益生菌显著提高年长组的日均饮食摄入量，增加所有狗的日均增重量，提高血液IgG、IFN-α和粪便SIgA水平 ，减少TNF-α ；③ 益生菌对年长狗影响最大，食用益生菌显著增加有益菌，减少潜在有害细菌；④ 益生菌可能通过调节肠道菌群来强化宿主免疫、改善健康；⑤ 年长狗在食用益生菌后，菌群结构趋向于更年轻的个体。
Oral Administration of Compound Probiotics Improved Canine Feed Intake, Weight Gain, Immunity and Intestinal Microbiota
04-02, doi: 10.3389/fimmu.2019.00666
【主编评语】内蒙古农业大学张和平团队近期在《Frontiers in Immunology》发表研究，利用复合益生菌改善犬类的摄食、体重、免疫和菌群结构，而且发现犬类对益生菌的响应与年龄有关。由于犬类肠道菌群结构与人相似，该研究结果对开发益生菌促健康手段具有借鉴意义。（@小肠君）
Nature：单个干细胞如何发育为肠道类器官
Nature[IF:41.577]
① 转录因子YAP1的瞬时调控及之后的组织再生过程，推动了单个肠道干细胞向肠类器官发育；② 在类器官发育的对称期细胞间的YAP1含量发生变化，在8细胞期和16细胞期之间，引发Notch-DLL1通路活性的空间差异；③ 上述差异构成了类器官发育中第一次对称性破坏事件，促进了第一个潘氏细胞的产生；④ 导致YAP1分布差异的因素，可能包括由细胞分裂不同步导致的细胞叠挤和胞外基质密度不同；⑤ Notch信号通路参与分化中对称性破坏，在稳态时维持细胞分化。
Self-organization and symmetry breaking in intestinal organoid development
04-24, doi: 10.1038/s41586-019-1146-y
【主编评语】对称性消失是肠道类器官发育的重要环节。《Nature》近期发表研究，发现从单个干细胞向类器官发育是一个组织再生过程，需要转录因子YAP1的调控，涉及Notch-DLL1通路活性的空间差异性。该结果强调了YAP1在感知组织稳态中的核心作用，也指出了Notch通路在组织发育、稳态调节中的双重功能。（@小肠君）
张发明等：菌群移植——抗癌治疗的新武器（综述）
Cancer Letters[IF:6.491]
① 肠道菌群移植在抗癌的临床疗效和减轻治疗相关毒副作用方面有重要作用；② 菌群移植用于消化道途径包括粪菌移植（FMT）和选择性菌群移植（SMT），菌群升阶治疗策略（step-up MT）需要个体化应用；③ 菌群移植用于肿瘤治疗的有效性和安全性是这一转化研究领域的核心问题；④ 基于智能分离系统和独立实验室的“clean FMT”已进入临床应用；⑤ 结肠途径经内镜肠道植管术（TET）作为新型给药途径，使肿瘤治疗中所需的全结肠途径反复移植成为可能。
Microbiota Transplantation: Targeting Cancer Treatment
03-21, doi: 10.1016/j.canlet.2019.03.010
【主编评语】多项研究发现抗癌治疗的疗效和相关毒副作用与肠道菌群存在密切联系，因此菌群移植有望成为癌症治疗领域的新手段。《Cancer Letters》近期发表来自南京医科大学第二附属医院张发明团队的综述，阐述了菌群和菌群移植在化疗、放疗和免疫治疗中的作用，特别提到了作者团队在菌群移植体系、新型移植途径结肠TET、选择性菌群移植领域的创新。文章全面综述了菌群移植应用于肿瘤治疗的方法学、有效性及挑战，值得品读！（@李丹宜）
Nature子刊：全球数据揭示结直肠癌特征菌群
Nature Medicine[IF:32.621]
① 纳入来自欧美、东亚地区的8项人群对照研究共计768参与者，发现在结直肠癌（CRC）患者的粪便菌群中有29个菌种丰度升高；② 来自单个CRC研究的特征菌群，同样可预测其他研究中的CRC患者；③ CRC患者的粪便菌群基因组中，分解蛋白质和粘蛋白的基因较多，降解碳水化合物的基因减少；④ CRC患者体内的次级胆汁酸产量可能增加，CRC相关的肠道菌群变化很可能与高脂、高肉类的饮食相关；⑤ CRC相关的特征菌群及其功能，有望在全球用于CRC诊断。
Meta-analysis of fecal metagenomes reveals global microbial signatures that are specific for colorectal cancer
04-01, doi: 10.1038/s41591-019-0406-6
【主编评语】《Nature Medicine》近期发表一项涵盖全球多个地区结直肠癌研究的荟萃分析，发现了29个具有全球代表性的特征肠道菌群，以及与结直肠癌相关的菌群代谢特点，这些宏基因组信息有望用于全球范围内的结直肠癌诊断。（@小肠君）
Nature子刊：跨越人群的大肠癌肠道菌群特征和诊断标志物
Nature Medicine[IF:32.621]
① 对7个队列的数据集进行荟萃分析，寻找通用的结直肠癌（CRC）肠道菌群标志物，并在2个额外队列中进行验证，共涉及969个粪便宏基因组；② CRC肠道菌群比对照具有更高的丰富度，口腔菌种的富集是部分原因；③ 菌群功能中，糖异生以及腐败和发酵通路与CRC相关，而水苏糖和淀粉降解通路与对照相关；④ 用机器学习鉴定出含16个菌群物种的最小集合，可较准确的区分CRC与对照（AUC>0.8）；⑤ 菌群基因中，胆碱三甲胺裂解酶基因（cutC）在CRC中富集。
Metagenomic analysis of colorectal cancer datasets identifies cross-cohort microbial diagnostic signatures and a link with choline degradation
04-01, doi: 10.1038/s41591-019-0405-7
【主编评语】不少研究报道了肠道菌群与结直肠癌（CRC）之间的密切关系，但在不同队列和人群之间是否存在通用的菌群诊断标志物，仍需进一步探究。《Nature Medicine》刚刚上线的一项研究，对涉及5个国家人群的已报道的队列和意大利的2个新队列的粪便宏基因组数据集，进行了荟萃分析，鉴定出在不同人群间共通的CRC相关肠道菌群组成和功能特征，构建了含16个物种的CRC疾病预测模型，并在两个额外的队列数据中得到验证。该研究再次证实了，不同人群中的CRC菌群特征存在异质性，但综合分析多个队列获得的菌群标志物，能提高诊断准确性。这些发现对于用菌群标志物进行疾病诊断，以及研究菌群成员在CRC中的潜在作用，均有参考价值。（@李丹宜）
手足间结直肠癌患病风险显著相关
British Medical Journal[IF:23.259]
① 调查1600余万名1931年后出生的瑞典居民及其亲生父母，在系谱明确的人群中，有173796人患了结肠直肠癌；② 患者同胞兄弟姐妹终生结直肠癌的总累积风险为7%，异父或异母的半同胞兄弟姐妹的患病风险为6%，均高于无结直肠癌家族史的患者；③ 除半同胞的兄弟姐妹外，二级亲属结直肠癌风险的增加几乎可以忽略不计；④ 但是，若一个人同时有一个患结直肠癌的二级亲属和一级亲属（甚至是另一个二级亲属），其结直肠癌的患病风险会显著增加。
Familial colorectal cancer risk in half siblings and siblings: nationwide cohort study
03-14, doi: 10.1136/bmj.l803
【主编评语】结直肠癌具有一定的家族遗传性。《British Medical Journal》近期发表一项瑞典的人群研究，发现同胞或异父/异母半同胞之间的结直肠癌患病风险相似，显著高于无家族病史的人群。该结果有助于鉴别结直肠癌风险人群。（@小肠君）
Nature Reviews：如何合理设计基于菌群的免疫疗法（综述）
Nature Reviews Immunology[IF:41.982]
① 鉴定直接影响宿主表型的效应微生物并阐述背后的机制，是开发基于菌群的疗法的基础；② 2种策略可用于上述研究，一种是自上而下的方法，基于免疫表型寻找效应细菌；③ 另一种是自下而上的方法，基于细菌产生的分子及代谢产物，分析其对宿主免疫系统的作用；④ 菌群介导的免疫调节功能包括对Treg/Th17/Th1/CD8+ T细胞的诱导与调节，对B细胞、树突细胞、巨噬细胞的调节等；⑤ 可结合计算机建模、工程菌改造等方法合理设计基于菌群的疗法。
Mining the microbiota for microbial and metabolite-based immunotherapies
03-11, doi: 10.1038/s41577-019-0144-5
【主编评语】《Nature Reviews Immunology》上发表的一篇综述文章，系统性介绍了菌群对免疫系统的调节作用，并阐释了设计基于菌群的免疫疗法的两种策略，推荐阅读。（@沈志勋）
JAMA：补充高剂量维生素D或能改善晚期/转移性大肠癌患者的无进展生存
JAMA[IF:44.405]
① 一项多中心、双盲、2期临床试验，139名晚期或转移性结直肠癌（CRC）患者随机分入两组，在化疗基础上，额外补充高剂量（1个周期8000IU/天，之后4000IU/天）或标准剂量（400IU/天）的维生素D，直至疾病进展或终止治疗；② 随访期间（中位22.9个月），两组的中位无进展生存（PFS）为13个月和11个月，未达统计学显著，但多变量风险比表明，高剂量维生素D显著改善了PFS和死亡风险；③ 需更大规模临床试验来检验这些发现。
Effect of High-Dose vs Standard-Dose Vitamin D3 Supplementation on Progression-Free Survival Among Patients With Advanced or Metastatic Colorectal Cancer: The SUNSHINE Randomized Clinical Trial
04-09, doi: 10.1001/jama.2019.2402
【主编评语】观察性研究指出，转移性结直肠癌中，较高的血液维生素D水平与较好的生存情况相关；补充高剂量维生素D能否改善这些患者的无进展生存呢？JAMA最新发表的一项美国多中心2期临床试验显示，接受化疗的晚期或转移性结直肠癌患者，每天补充高剂量维生素D，或能改善其无进展生存。（@李丹宜）
JAMA：补充维生素D能否改善消化道癌患者的术后生存？
JAMA[IF:44.405]
① 一项随机双盲对照试验，消化道癌症患者分为维生素D组（251人，术后接受每天2000IU维生素D）和安慰剂组（166人）；② 在随访期间（中位3.5年，最长7.6年），20%的维生素D组患者、26%的安慰剂组患者发生复发或死亡，两组中均有15%患者死亡；③ 两组的5年无复发生存、5年总生存分别为77% vs 69%、82% vs 81%，均无显著差异；④ 对于基线血清25(OH)D水平在20-40ng/ml的患者，补充维生素D改善了5年无复发生存（87%vs71%，差异显著）。
Effect of Vitamin D Supplementation on Relapse-Free Survival Among Patients With Digestive Tract Cancers The AMATERASU Randomized Clinical Trial
04-09, doi: 10.1001/jama.2019.2210
【主编评语】补充维生素D能否用于癌症患者的预防和辅助治疗？JAMA最新发表的日本AMATERASU临床试验中，纳入了400多名不同阶段的消化道癌症患者，并进行了长期随访。总体而言，术后每天补充2000IU维生素D未能显著改善受试者的5年无复发生存，但在特定亚组中具有一定效果。（@李丹宜）
Lancet：饮食因素对全球人群健康的影响
Lancet[IF:53.254]
① 评估全球195国>25岁成年人饮食状况及其对非传染性疾病死亡率和发病率的影响；② 2017年由饮食因素造成的死亡人数和寿命损失（DALY）分别达到1100万人和2.55亿年；③ 大部分国家中，盐摄入过多、全谷物和水果摄入过低是主要饮食风险因素；④ 高盐摄入造300万人死亡和合计7000万年寿命损失，全谷物摄入不足造成300万人死亡和合计8200万年寿命损失，水果摄入不足造成200万人死亡和合计6500万年寿命损失。⑤ 膳食数据来源可能影响结论准确性。
Health effects of dietary risks in 195 countries, 1990–2017: a systematic analysis for the Global Burden of Disease Study 2017
04-03, doi: 10.1016/S0140-6736(19)30041-8
【主编评语】优化饮食结构是预防慢性非传染疾病的重要方式。《柳叶刀》最新发表一项涉及全球195个国家的荟萃分析，发现饮食因素造成了大量人口和寿命损失，高盐、低全谷物和低水果摄入量是最主要饮食风险因素。该结果为研究饮食与慢性非传染疾病的关系提供了全面的人口数据基础，强调了全球范围内改善饮食结构的急迫性，有助于制定合理饮食指导建议和评估饮食风险因素。（@小肠君）
肠易激综合征的肠道菌群特征（综述）
Gastroenterology[IF:20.773]
① 纳入22篇文献中的24项病例对照研究进行系统综述，比较肠易激综合征（IBS）患者与健康对照的粪便/结肠菌群的差异；② 与对照相比，IBS患者中，肠杆菌科、乳杆菌科和拟杆菌属增加，而不可培养的梭菌目I、粪杆菌属（包括普氏粪杆菌）和双歧杆菌属减少；③ IBS患者的菌群多样性降低或者与对照无差异；④ 40%的研究未声明患者与对照是否匹配（没有描述性别和/或年龄特征）。
Gut Microbiota in Patients With Irritable Bowel Syndrome—a Systematic Review
03-30, doi: 10.1053/j.gastro.2019.03.049
【主编评语】有不少研究分析了肠易激综合征（IBS）患者的肠道菌群特征，《Gastroenterology》近期发表的文章，对24项病例对照研究进行系统综述，总结了与IBS相关的肠道细菌类别，这些细菌与IBS间的因果性关联有待进一步研究。（@李丹宜）
膳食纤维与肠道菌群间不得不说的故事（综述）
Alimentary Pharmacology and Therapeutics[IF:7.357]
① 膳食纤维对机体的作用受类型、剂量、溶解度、粘度和发酵性质的影响，可溶性纤维快速发酵软化粪便，不溶性纤维刺激肠黏膜、增加蠕动，发挥通便作用；② 膳食纤维的代谢终产物（如短链脂肪酸）既为宿主提供能量，也发挥免疫调节和肠-脑信号传导作用；③ 膳食纤维的反应具有可变性，基于纤维的饮食对肠道微生物多样性具有利影响，而多样性反过来影响纤维代谢的发酵副产物；④ 膳食纤维干预的个性化特征与干预前的肠道生态状态有关。
Review article: dietary fibre in the era of microbiome science
03-01, doi: 10.1111/apt.15129
【主编评语】膳食纤维种类繁多。《Alimentary Pharmacology and Therapeutics》近期发表综述，系统性分析了膳食纤维与肠道菌群之间的互作。强调了膳食纤维种类对饮食干预效果的影响，对制定健康饮食指导具有参考价值。（@小肠君）
Lancet：IBD患者该采用低纤维饮食吗？
Lancet[IF:53.254]
① 高膳食纤维饮食与低死亡率/低非传染性疾病发病率相关，也是胃肠病患者自我调整的重要方式；② 过去建议炎症性肠病（IBD）患者减少纤维摄入，但近期研究表明，限制纤维可增加IBD复发率，而高纤维饮食对IBD有益；③ 不同发酵特性的膳食纤维对菌群多样性、丰度及其代谢产物影响不同，易发酵纤维可迅速生成短链脂肪酸，减少有毒物质产生；④ 纤维摄入量或应依IBD类型而异，推荐大多数患者从饮食中摄入充足的可发酵和难发酵纤维（25-30 g/天）。
The low-fibre diet: contender in IBD, or has it had its time?
05-01, doi: 10.1016/S2468-1253(19)30096-2
【主编评语】膳食纤维对健康的益处已得到广泛认可，但对于炎症性肠病（IBD）患者，传统观念认为应限制纤维摄入。《Lancet》发表的一篇最新观点评论短文，综合了近年一些研究结果，建议大多数IBD患者应从饮食中摄入足够的膳食纤维。（@李丹宜）
膳食补充剂和营养素来源与死亡率的关联
Annals of Internal Medicine[IF:19.384]
① 一项前瞻性队列研究，纳入30899名20岁以上成年美国人，中位随访6.1年，分析使用膳食补充剂以及来自饮食和膳食补充剂的营养摄入与死亡率的关联；② 足量摄取维生素A、维生素K、镁、锌和铜可以降低全因和心血管疾病死亡率，但是只有食物源的上述营养物质才有这种促健康作用；③ 用营养补充剂补充上述营养物质，对降低死亡率没有促进作用；④ 过量钙与癌症死亡率上升相关，该死亡风险与每天摄取>1000mg膳食补充剂来源的钙相关。
Association Among Dietary Supplement Use, Nutrient Intake, and Mortality Among U.S. Adults: A Cohort Study
04-09, doi: 10.7326/M18-2478
【主编评语】《Annals of Internal Medicine》发表的一项最新人群研究，对3万多名成年美国人进行长期跟踪，发现充足的饮食来源的维生素A、维生素K、镁、锌和铜与死亡风险降低相关，通过膳食补充剂补充上述物质对降低死亡率没有助益，而过量补充膳食补充剂来源的钙还可能增加癌症死亡风险。该结果指出，膳食补充剂对美国成年人没有助益。（@小肠君）
菊粉缓解肥胖症状又添新证据
Gut[IF:17.016]
① 12名超重/肥胖但无糖尿病的成人分为三组，每天分别食用20g菊粉丙酸酯、菊粉或低发酵型纤维素对照；② 相比于纤维素对照，菊粉丙酸酯和菊粉均能缓解胰岛素耐受情况，两者功效无显著差异；③ 食用菊粉后，空腹胰岛素含量只与血浆酪氨酸正相关，与血浆甘氨酸负相关；④ 与对照相比，菊粉丙酸酯降低促炎IL-8水平，而菊粉对系统性炎无显著影响；⑤ 与对照相比，菊粉在纲、目水平影响菌群结构，而菊粉丙酸酯在菌种水平略有影响。
Dietary supplementation with inulin-propionate ester or inulin improves insulin sensitivity in adults with overweight and obesity with distinct effects on the gut microbiota, plasma metabolome and systemic inflammatory responses: a randomised cross-over trial
04-10, doi: 10.1136/gutjnl-2019-318424
【主编评语】食用菊粉及其衍生物可增加肠道丙酸盐含量。《Gut》近期发表人群对照研究，比较了菊粉丙酸酯和菊粉对肥胖症状的缓解作用，发现两者均可以改善胰岛素耐受情况，菊粉丙酸酯还具有缓解全身炎症的功效。该研究对开发减肥相关膳食干预手段具有参考价值。（@小肠君）
Science：丝状噬菌体促进绿脓杆菌感染
Science[IF:41.058]
① 绿脓杆菌感染者中68%（25/37）为丝状噬菌体阳性；② 相比于丝状噬菌体阴性的绿脓杆菌菌株，仅需1/50的丝状噬菌体阳性菌株即可建立小鼠伤口感染模型；③ 感染了丝状噬菌体阳性菌株的小鼠，发病率及死亡率显著高于感染了丝状噬菌体阴性菌株的小鼠；④ 哺乳动物免疫细胞可内吞丝状噬菌体，并释放噬菌体RNA，激活TLR3及TRIF，促进I型干扰素的产生，并抑制TNF的分泌及对细菌的吞噬；⑤ 靶向丝状噬菌体的疫苗及单抗可增强对绿脓杆菌的调理作用。
Bacteriophage trigger antiviral immunity and prevent clearance of bacterial infection
03-29, doi: 10.1126/science.aat9691
【主编评语】丝状噬菌体是由绿脓杆菌产生的一种溶原性噬菌体。《Science》上发表的一项最新研究，揭示了丝状噬菌体可通过增强宿主的抗病毒免疫应答，并抑制宿主对细菌的吞噬，从而促进绿脓杆菌的感染。（@沈志勋）
中科院：揭示籼粳稻根系微生物组与氮肥利用效率的关系
Nature Biotechnology[IF:35.724]
① 亚洲栽培稻主要分为籼稻和粳稻两个亚种，籼稻通常表现出更高的氮肥利用效率；② 籼稻和粳稻形成了截然不同的根系微生物组，可以作为区分籼粳稻的生物标志；③ 籼稻根系比粳稻富集更多与氮循环相关的微生物种类，具有更加活跃的氮转化环境；④ 水稻通过NRT1.1B调控根系具有氮转化能力的微生物，改变根际微环境，影响籼梗稻田间氮肥利用效率；⑤ 通过高通量微生物分离培养，获得了水稻根系70%的细菌种类，建立了首个系统性水稻根系细菌资源库。
NRT1.1B is associated with root microbiota composition and nitrogen use in field-grown rice
04-29, doi: 10.1038/s41587-019-0104-4
【主编评语】中科院遗传发育所白洋和储成才组近期在《Nature Biotechnology》发表了关于水稻微生物组的成果，该项研究不仅揭示了水稻亚种间根系微生物组与其氮肥利用效率的关系，证明了NRT1.1B在调控水稻根系微生物组的关键作用，还建立了第一个水稻根系可培养的细菌资源库，为研究根系微生物组与水稻互作及功能，为应用有益微生物、减少氮肥的施用奠定了基础。（@刘永鑫）
Nature子刊：对肠道菌群进行原位基因操作的新手段
Nature Methods[IF:26.919]
① 新开发的MAGIC方法，可以通过操纵移动基因元件库在肠道中直接改变肠道菌群；② 利用大肠杆菌等菌株作为供体细菌，通过广谱细菌接合将模块化移动质粒(pGT)等基因操作元件转移入肠道菌群；③ 融合荧光活化细胞分选和16S分析方法，可以确定哺乳动物肠道内MAGIC方法操作成功的受体菌或转化子；④ 通过小鼠体内实验，证实了MAGIC方法可以使可操纵基因元件渗透到土著菌群中，并可从菌群中分离出经过基因操作的菌株。
Metagenomic engineering of the mammalian gut microbiome in situ
01-14, doi: 10.1038/s41592-018-0301-y
【主编评语】用基因工程手段操作开放环境中的菌群非常具有挑战性。《Nature Methods》近期发表了一种可以对肠道菌群进行原位基因操作的手段，利用工程菌株将可移动基因工程元件导入肠道菌群，并可鉴定出经过基因操作的菌株。该方法有助于开发肠道菌群调控的新方法。（@小肠君）
Lancet子刊：2000年-2010年全球抗生素消费情况
The Lancet Infectious Diseases[IF:25.148]
① 2000至2010年间，抗生素药物用量从54083964813单位用量增加到73620748816单位用量，增加了36%；② 增加的抗生素用量中，76%用于巴西、俄罗斯、印度、中国和南非5个发展中国家；③ 大多数国家中，抗生素使用存在季节性；④ 碳青霉烯和多粘菌素这两类“终防线”抗生素药物的使用量分别增加了45%和13%；⑤ 为了维持全球抗生素药物疗效、防止抗生素耐药性在中低收入国家激增，全球各团体需要通力合作推广合理用药的相关措施。
Global antibiotic consumption 2000 to 2010: an analysis of national pharmaceutical sales data
2014-06-10, doi: 10.1016/S1473-3099(14)70780-7
【主编评语】抗生素耐药趋势与全球抗生素药物使用情况密切相关。《The Lancet Infectious Diseases》发布的全球抗生素使用报告可作为近年来全球抗生素使用情况的参考，与本文相关的数据勘误文章（https://doi.org/10.1016/S1473-3099(17)30187-1）调整了对大洋洲和亚洲发达地区的数据分析。结合两文内容，可对近年来抗生素使用形成一定的宏观概念。（@小肠君）
Cell子刊：人体肠道内的“适者生存”
Cell Host and Microbe[IF:17.872]
① 脆弱拟杆菌通过产生新突变适应人体肠道环境，约两年的跟踪期内同一人体内该菌种的核酸位点、可移动基因元件种类具有多样性；② 该菌种在适应性定植期间，许多与多糖利用、荚膜合成途径相关的基因发生改变；③ 单个人体中同时存在由同一脆弱拟杆菌分化形成的多个菌株，该菌种在定植期间不断积累突变，特定菌株可能发生漂变而从宿主内消失；④ 脆弱拟杆菌的基因突变存在人群差异，BF2755基因位点的Q100P突变发生率在西方人中远高于中国人。
Adaptive Evolution within Gut Microbiomes of Healthy People
04-23, doi: 10.1016/j.chom.2019.03.007
【主编评语】任何环境下细菌都在经历自然选择过程。来自MIT的赵诗杰博士与其同事近期在《Cell Host and Microbe》发表研究，将菌株培养技术与粪便菌群宏基因组测序技术联用，发现了脆弱拟杆菌通过积累突变来适应人体宿主环境的模式、人体肠道适应性密切相关的基因以及在人体宿主内的菌株演化动态特点。该结果有助于研究肠道共生细菌的适应性机制，对于阐释细菌-人体宿主互作以及共演化具有重要参考价值。（@小肠君）
Nature Reviews ：宏基因组技术临床运用的前现状与挑战（综述）
Nature Reviews Genetics[IF:41.465]
① 宏基因组高通量测序（mNGS）技术可综合分析临床样本中微生物和宿主的遗传物质，临床运用方向包括病原体检测、微生态分析、转录组分析和肿瘤诊断；② mNGS可同时检测多种病原体和罕见病原体；③ mNGS菌群分析有助于诊断感染和其他多种类型疾病；④ 转录组分析可检测人体在疾病中的反应；⑤ 检测病毒和宿主基因突变有助于癌症预防与治疗；⑥ mNGS临床运用需考虑提高敏感性、流程标准化、建立严格对照、操作简便化、降低成本和取得监管机构认可。
Clinical metagenomics
03-27, doi: 10.1038/s41576-019-0113-7
【主编评语】宏基因组高通量测序（mNGS），正迅速从科研转向临床应用，会逐渐改变疾病诊断和治疗的方式。《Nature Reviews Genetics》近期发表综述，系统性总结了目前mNGS在疾病诊和治疗中可发挥的广泛作用，尤其强调了在病原检测上的巨大作用，并指出了该技术在临床运用上面临的挑战，值得参考。（@小肠君）
Nature子刊：靶向MLCK的转运以治疗IBD
Nature Medicine[IF:32.621]
① 肌球蛋白轻链激酶（MLCK）是屏障功能障碍的关键效应因子和潜在的治疗靶点，但抑制其酶活性可造成毒性；② MLCK剪接变体MLCK1内的独特结构域介导其向紧密连接周围肌动球蛋白环（PAMR）的招募；③ 筛选到一种与结合域结合的小分子（divertin）可抑制MLCK1向PAMR的招募，而不抑制酶功能；④ Divertin在体外和体内阻断急性肿瘤坏死因子（TNF）诱导的MLCK1招募、下游肌球蛋白轻链（MLC）磷酸化、屏障功能障碍及腹泻，并可抑制实验性IBD的进展。
Intracellular MLCK1 diversion reverses barrier loss to restore mucosal homeostasis
04-01, doi: 10.1038/s41591-019-0393-7
【主编评语】肠道上皮屏障损伤可驱动肠道及系统性疾病的发生，肌球蛋白轻链激酶（MLCK）是肠道屏障功能的关键调节因子，但抑制其酶活性可引起很强的毒性。Nature Medicine上发表的一项最新研究，通过筛选鉴定出一种小分子divertin，可抑制MLCK招募肌动球蛋白的功能，而不抑制其激酶活性。进一步研究发现，divertin可抑制动物模型中的IBD进展。该研究为IBD等肠道屏障功能障碍相关疾病提供了新的潜在治疗靶点。（@沈志勋）
Nature：IL-2的肠道稳态维持作用受菌群与IL-1β影响
Nature[IF:41.577]
① 小鼠中肠道中，调节性T细胞（Treg ）和免疫稳态的维持依赖于IL-2；② T细胞的IL-2产量不影响Treg数量，3类固有淋巴细胞（ILC3）才是小肠中主要的IL-2生产者，生产过程由IL-1β选择性诱导；③ 小肠中巨噬细胞产生IL-1β，MYD88和NOD2介导的菌群感应影响该IL-1β生产过程；④ ILC3产生的IL-2对维持小肠中Treg数量、免疫稳态以及对膳食抗原的耐受具有核心作用；⑤ 克罗恩病患者小肠中由ILC3产生的IL-2显著降低，与Treg数量减少相关。
Innate lymphoid cells support regulatory T cells in the intestine through interleukin-2
04-03, doi: 10.1038/s41586-019-1082-x
【主编评语】低剂量的IL-2有助于缓解肠道炎症，但是IL-2生产和免疫调节机制有待阐释《Nature》近期发表研究，发现在肠道菌群和IL-1β的介导下，由3类固有淋巴细胞产生的IL-2对维持调节性T细胞以及肠道免疫稳态具有关键作用。该结果明确阐释了一条之前被忽视的肠道免疫调控通路，对研究肠稳态调节机制、菌群-免疫互作具有重要参考价值。（@小肠君）
Nature：肠道免疫系统如何兼顾免疫耐受与活化？
Nature[IF:41.577]
① 肠道引流淋巴结（gLN）的免疫功能在不同肠道区域有差异，不同gLN中基质细胞和树突细胞的基因表达不同，针对相同抗原的T细胞极化也不同；② 近端小肠的gLN选择性促进耐受型免疫反应，而远端小肠的gLN促进促炎T细胞反应；③ 上述区域化差异，使远端小肠的gLN可作为疫苗靶标，也保证了在肠道感染发生时十二指肠的FOXP3+ Treg细胞可被成功诱导；④ 移除特定的远端小肠gLN、十二指肠感染均会破坏gLN的区域化差异，影响淋巴器官和组织免疫反应。
Compartmentalized gut lymph node drainage dictates adaptive immune responses
04-15, doi: 10.1038/s41586-019-1125-3
【主编评语】肠道免疫系统需要耐受营养物质和共生菌群，同时又要抵御病原体。《Nature》近期发表一项研究，发现肠道引流淋巴结（gLN）的功能具有区域化差异，近端小肠gLN主导免疫耐受，远端小肠gLN主导促炎反应。该结果不仅有助于解释肠道免疫的兼具的耐受、促炎反应机制，对于针对性调节肠道免疫也具有重要参考价值。（@小肠君）
感谢本期日报的创作者：沈志勋，小肠君，Roxy，刘敏，高春辉，李丹宜，Sunny，杜海洋，Mayday，刘永鑫，陈国忠，张裕铃，女巫
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