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使用EzReson进行化学共振分析(2):EzReson程序的安装

Yang Wang 量子化学 2022-07-02
1. EzReson的获取和安装
EzReson的免费下载网址是:
https://github.com/yangwangmadrid/EzReson

如果电脑装有git,可以在命令行终端执行以下命令直接下载整个EzReson软件包:  
git clone https://github.com/yangwangmadrid/EzReson

虽然EzReson是开源免费的,但如果用户在论文、报告或网络媒体中使用到EzReson,则必须引用下列论文: 

1. Y. Wang. Phys. Chem. Chem. Phys. 2021, In press (DOI: 10.1039/D0CP06207C).

 2. Y. WangJ.  Comput. Chem. 2021, 42, 412417.


EzResonPython软件包,在安装和运行前需确认一下系统已预装有以下的Python运行环境和Python包:


  • python >= 3.6
  • numpy >= 1.18.0
  • scipy >= 1.5.1

 

EzReson的安装很简单,步骤如下:
(1)  将下载后的EzReson/文件夹放到电脑中合适的位置,比如/home/user/app/(注意路径名中最好不要含中文名或空格等特殊字符)。

(2)  EzReson文件夹下找到ezreson文件,用文本编辑器将变量EZREON_DIR设置为EzReson所在的文件夹路径,如对于上例就是:    
export EZREON_DIR="/home/user/app/EzReson/" 

保存退出文本编辑器后,在终端下用以下命令将ezreson脚本文件变为可执行:     

chmod a+x ezreson

(3)  编辑shell用户配置文件(如使用bash就是用户HOME目录下的.bash_profile.bashrc文件),将EzReson的安装路径放入PATH环境变量中,如上例就是:      

export PATH=${PATH}:/home/user/app/EzReson
(4)  退出终端窗口再重新打开终端,或者在原终端窗口source一下上述修改好的shell用户配置文件。

这样,EzReson就安装配置就绪,可以试着在终端中执行一下ezreson命令,如果看到下列输出则表示已成功安装EzReson: 
EzReson version 0.1 (Aug 2020) -- A program for resonance analysis of a DFT wave functionWritten by Yang WANG (yangwang@yzu.edu.cn)Copyright 2020 Yang Wang Usage: python ezreson.py <input-file>

另外,对于Windows用户,为了使用上述方法来安装和运行EzReson,则需预装Linux虚拟终端(如cygwin等)。还有一种简单的解决办法:直接在Windows的命令行终端(cmd.exe)中进入EzReson的安装文件夹,然后敲入以下命令来运行EzReson
python ezreson.py

 

2. EzReson的基本运行方法
EzReson的每个运行任务需要一个输入文件,不妨以.in为扩展名(如test.in),其具体内容和格式见下一篇推送。如果在终端中执行EzReson任务,可采用以下命令: 
ezreson test.in

如果在Windowscmd终端中运行任务,可先进入EzReson的安装目录,然后执行: 

python ezreson.py test.in


在后面的推送中,我们将通过多个具体实例来展示EzReson的用法。

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