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[变异毒株] Omicron: 毒王族谱(2023年5月29日第四次更新)

拍老师 拍帮主的后花园 2023-10-24
大家晚上好~
由于超级奶爸Ben Murrell老师休完产假华丽回归,昨天咱们终于更新了中断了小半年的《天阶序论》,
今天咱们再接再厉,继续利用Murrell老师的东西,更新另外一个中断了小半年的《毒王族谱》系列呗。

本系列的上一集请见:《Omicron: 毒王族谱(2023年1月10日第三次更新)》

顺便简单说一说这几个变异株相关系列的定位:
  • 《巴塞尔报告》系列是搬运的巴塞尔大学Cornelius小哥的变异株报告,主要是针对整个益生菌19变异进度的综述;
  • 《天阶序论》系列主要利用Murrell老师(或Gerstung老师)的变异株增速排行榜,用趋同突变天阶假说来介绍当前增速比较猛的种子选手们;
  • 《毒王族谱》系列则主要利用Cornelius小哥和Murrell老师两个版本的downsampled演化树来介绍Omicron大家族几大重点亚谱系或子分支的现状。

比如开局的两张图,就是Cornelius小哥利用Nextstrain平台撸出来的两棵演化树,
其中上图是2023年1月份版本,下图则是5月份版本…
是不是差别还挺大?

具体而言,在变异株数量方面:
  • 2022年9月22日,即本系列第一集时,Omicron大家族(除了BA.1之外)总共298个子分支;
  • 到了2022年10月15日,即本系列第二集时,这个数字飙到了464个
  • 再到2023年1月10日,即本系列第三集时,这个数字又跃升到673个
  • 截止2023年5月27日,即本次更新时,Omicron大家族(除了BA.1,但包含几个Deltacron重组株)一共有1266个子分支;
  • Pango命名法的字母编码,已经排到了GG……最新命名毒株GG.1,是XBB.1.5.38.1的缩写。

这这这……说好的“逐渐进入稳定期”呢?

算了,回到主题啊,咱们先看看Murrell老师的演化树~

——请品鉴(可能需要点开大图):
解说一下:
  • 这棵树的每一个小圆点,代表一种子分支;
  • 连接小圆点的枝干越长,则代表其相对于父系毒株的突变数量越多;
  • 小圆点越靠右,则代表其相对于BA.2的累计突变数量越多;
  • 小圆点的颜色越偏红,则代表其相对于XBB.1.5的增速越快。

所以一图秒懂啊,
当前的增速之王,也就是橙色或者红色的那些小圆点,主要包括:
  • XBB2.3分支的XBB.2.3.3和XBB.2.3.11;
  • XBB.1.18分支的FE.1.1和FE.1.2;
  • XBB.1.16分支的XBB.1.16.1、XBB.1.16.2和FU.1;
  • XBB.1.22分支的FY.2和FY.3(XBB.1.22最近刚刚喜提专属外号)
  • XBB.1.9分支的EG.2和EG.5.1。
基本上可以说是XBB大家族内部的大乱斗了……

顺便一提……上面颜色最偏红的这些个小圆点里头,
有好几个……都是传说中的田园株
……
……
这算不算是……给世界一点小小的____震撼呢?

——请品鉴:

最后,为了避免各位看着这琳琅满目的Pango代码犯迷糊,
下面特意搬运从FA开始到GG截止的lineage note,
希望对大家有帮助。

——请品鉴:


以上,搬运完毕。
各位明天见啦。



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