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听说有个公众号能查基因信息?我半信半疑地试了一下午!

Y叔叔 YuLabSMU 2022-09-23

ID转换初印象

做生物信息学嘛,你很多时间在转换各种ID,转换各种格式上。那么我试了一下,查一个基因HBB,我首先用符号,发现它能返回好几种ID,包括ENTREZ, ENSEMBL, UNIPROT, SYMBOL, GENENAME,更厉害的是竟然还有KEGG通路。


这里我就产生一个疑问啦,那到底其它ID行不行?我分别试了一下。

ENTREZ

ENSEMBL

UNIPROT

GENE NAME

返回的结果有链接?

然后我发现返回的结果竟然有链接,于是我点一下试试KEGG,它不单能打开相应的通路图,还能把我查询的基因给标识出来,让我一眼就看到它在通路中的什么位置上,简直给跪了。

点一下ENTREZ  ID

这可是NCBI的东西,能否带我去genbank?试一下,于是我欢乐的看了一下这个基因的相关信息。

点个gene symbol看看

它带我去到gene cards数据库:

点ENSEMBL ID试试

果然带我到ENSEMBL数据库:

我猜uniprot ID会带我到UNIPROT数据库

果不其然,我真的太聪明了。


打发时间

除了正儿八经地查基因之外,还可以随便发个基因,然后阅读相关的信息,既能学习,又打发了时间。由于支持ENTREZ GENE ID,所以你都可以随机发个数字试试。于是我试了一下,什么520, 1314, 2020啥的。


我试了一下我出生的年份,竟然是个翻译起始因子,又试了一下我出生的月日,是一个催化生成类固醇的酶。一不小心,我查了一下午的基因,学习了一下午的基因功能。

一个值得拥有名字的公众号

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