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ggimage:ggplot2中愉快地使用图片

2017-04-15 Y叔 biobabble

导言

本文介绍了ggimage包,允许在ggplot2作图时嵌入图片,并支持aes映射,可以把离散型变量映射到不同图片。目前有几个包可以使用图片嵌入做图,但都是针对特定的场景,这里使用ggimage来展示在这些特定领域里的应用,ggimage的设计是通用的,并不被特定场景所限定,文末又介绍了用R图标来画出R、用饼图来画气泡图等实例。

图上嵌图片

R 基础图形库(base graphics)可以在做图的时候嵌入图片,使用的是graphics::rasterImage

imgurl <- "http://phylopic.org/assets/images/submissions/295cd9f7-eef2-441e-ba7e-40c772ca7611.256.png"
library(EBImage) x <- readImage(imgurl) plot(1, type = "n", xlab = "", ylab = "", xlim = c(0, 8), ylim = c(0, 8)) rasterImage(x, 2, 2, 6, 4)

如果我们搜索”ggplot2 image”,会找到类似于下面这样的帖子/博文:


  • 也就是说通过程序员秘笈,搜索,我们用ggplot2同样也可以做到。
    这里我们需要用到annotation_custom(rasterGrob)来把图片加到ggplot2图形中,这和基础图形库是一模一样的。

    library(grid)
    library(ggplot2) p <- ggplot(d = data.frame(x = c(0, 8), y = c(0, 8)), aes(x, y)) + geom_blank() p + annotation_custom(rasterGrob(x), 2, 6, 2, 4)

    如果要使用图片来打点画一个散点图,我们就需要for循环,对每一个点进行操作,这显然是底层的操作,而ggplot2是一个高抽象的画图系统,我们希望能够使用ggplot2的语法。
    ggimage就是来实现这样一个功能,它只是一个简单的包,允许我们在ggplot2中把离散性变量映射到不同的图片来画图。


  • 实现这个功能的想法已经酝酿很久了,在ggtree的开发中,我实现了phylopic函数来使用Phylopic数据库的图片注释进化树,也实现了subview函数在图上嵌入小图。用图片来注释进化树在进化分析上还是很常见的,特别是在一些分类学的研究中,需要把一些分类学特征在进化树上展示出来,而像我们做病毒,也经常会把一些图片放在进化树上来展示病毒的宿主信息。
    ggtree和可视化有关的函数分两类,一类是加注释的图层,另一类是可视化操作树(比如像旋转、合并分支)。操作树的都是普通函数,而加注释的都是geom图层,除了subviewphylopic,这种所谓逼死处女座的存在,我早就想改成了geom_subviewgeom_phylopic了(已实现),这也是为什么我要写ggimage的原因了。

    安装

    ggimage依赖于EBImage来读图片,这是个Bioconductor包,所以我们需要额外的动作来安装它,用setRepositories把Bioconductor软件仓库加进来,这样install.packages也可以搜索到它的包。

    setRepositories(ind = 1:2) install.packages("ggimage")

    实例分析

    据我所知目前支持使用图片的R包有CatterPlots, rphylopic, emoGG,
    ggflags这几个,都是为特定的目的而实现的,都有其特定的应用场景,而ggimage是的
    geom_image是通用的,通过对它进行简单的包装,同样可以实现这些特殊场景的应用图层。
    CatterPlots这个包只可以应用于基础图形库(base graphics)中,通过预设的几个猫图(R对象,随包载入)来画散点图。最近介绍。ggplot2没有相应画猫的包。我们可以使用ggimage来画,而且不用限制于CatterPlots预设的几个图形。

    library(ggplot2)
    library(ggimage) mytheme <- theme_minimal() +  theme(axis.title = element_blank()) theme_set(mytheme) x <- seq(-2 * pi, 2 * pi, length.out = 30) d <- data.frame(x = x, y = sin(x)) img <- "http://www.belleamibengals.com/bengal_cat_2.png"ggplot(d, aes(x, y)) + geom_image(image = img, size = .1)

CatterPlots实现的方式就是上面谈到的rasterImage内部使用了循环。rphylopic同时支持基础图形库(base graphics)和ggplot2,也是一样的实现方式,不过rphylopic内部没有使用循环,一次只能加一个图,它使用的图来自于数据库。
我们用ggimage同样可以使用phylopic图片:

  • ggplot(d, aes(x, y)) + geom_phylopic(image = "500bd7c6-71c1-4b86-8e54-55f72ad1beca", size = .1)

  • 图中是翼足目动物。


emoGG是专门来画emoji的,如果要画emoji的话,我推荐我写的emojifont包,在轩哥的上,把emoji当做普通字体一样操作,更方便。
emoGG这个包提供了geom_emoji图层,虽然一次可以画出散点,但因为不支持aes映射,而ggimage所提供的geom_emoji则支持映射,下面的例子中我们做了一个简单的回归分析,如果残差<0.5用笑脸表示,>0.5则用哭脸来表示。

set.seed(123) iris2 <- iris[sample(1:nrow(iris), 30), ] model <- lm(Petal.Length ~ Sepal.Length, data = iris2) iris2$fitted <- predict(model) p <- ggplot(iris2, aes(x = Sepal.Length, y = Petal.Length)) +  geom_linerange(aes(ymin = fitted, ymax = Petal.Length),                 colour = "purple") +  geom_abline(intercept = model$coefficients[1],              slope = model$coefficients[2]) p + ggimage::geom_emoji(aes(image = ifelse(abs(Petal.Length-fitted) > 0.5, '1f622', '1f600')))

如果要用emoGG来做的话,则需要自己切数据分两次来进行:

p + emoGG::geom_emoji(data = subset(iris2, (Petal.Length-fitted) < 0.5), emoji = "1f600") +    emoGG::geom_emoji(data = subset(iris2, (Petal.Length-fitted) > 0.5), emoji = "1f622")

这里我们只分两类(残差是否大于0.5),所以需要加两次,试想我们的分类变量有多种可能的取值,则我们需要分多次切数据加图层,CatterPlotsrphylopicemoGG都有这个问题,这也是aes映射之于ggplot2的重要和强大之处,它让我们可以在更高的抽像水平思考,
ggflags是支持aes映射的,只不过它只能用来画国旗而已。同样ggimage也提供
了相应的geom_flag来使用国旗用于做图。

library(rvest)
library(dplyr) url <- "http://www.nbcolympics.com/medals"medals <- read_html(url) %>%    html_nodes("table") %>%    html_table() %>% .[[1]]
library(countrycode)
library(tidyr) medals <- medals %>%    mutate(code = countrycode(Country, "country.name", "iso2c")) %>%    gather(medal, count, Gold:Bronze) %>%    filter(Total >= 10) head(medals)
CountryTotalcodemedalcount
Russia33RUGold13
United States28USGold9
Norway26NOGold11
Canada25CAGold10
Netherlands24NLGold8
Germany19DEGold8

首先我们从网站上爬回来2016年各个国家的奥林匹克奖牌数,画出柱状图,并在xlab国家名边上用ggimage画上国旗:

p <- ggplot(medals, aes(Country, count)) + geom_col(aes(fill = medal), width = .8) p + geom_flag(y = -2, aes(image = code)) +    coord_flip() + expand_limits(y = -2)  +    scale_fill_manual(values = c("Gold" = "gold", "Bronze" = "#cd7f32", "Silver" = "#C0C0C0"))

ggimage

前面我们介绍了ggimage在一些场景的应用实例,虽然有专门的包针对这些应用场景,但ggimage在这些领域中的表现要比大多数的包要好(支持aes映射)。但ggimage的使用并不限于这些(geom_phylopicgeom_emojigeom_flag只是通用图层geom_image的简单封装),这里将展示一些有趣的例子。

用R图标来画R形状

x <- c(2, 2, 2, 2, 2, 3, 3, 3.5, 3.5, 4) y <- c(2, 3, 4, 5, 6, 4, 6, 3, 5, 2) d <- data.frame(x = x, y = y) img <- system.file("img", "Rlogo.png", package = "png") ggplot(d, aes(x, y)) + geom_image(image = img, size = .1) +  xlim(0, 6) + ylim(0, 7)

嵌套式绘图

这里我要展示的是非常有名的气泡图(Bubble Plot),但气泡不是圆圈,而是使用
ggplot2画的饼图,我先把饼图保存起来,再用ggimage拿来画,饼图的大小
与人口总数正相关。这个例子可以应用到很多场景中去,比如一个时间序列的曲线,你要用统计图在某些时间点上展示相关的信息,比如你要在地图上加某些地方的相关统计信息(如果要在地图上画饼图,可以使用我写的包)。

crime <- read.csv("http://datasets.flowingdata.com/crimeRatesByState2005.tsv",header = TRUE, sep = "\t", stringsAsFactors = F)


library(gtable) plot_pie <- function(i) {    df <- gather(crime[i, ], type, value, murder:motor_vehicle_theft)    ggplot(df, aes(x = 1, value, fill = type)) +        geom_col() + coord_polar(theta = 'y') +        ggtitle(crime[i, "state"]) +        theme_void() + theme_transparent() +        theme(legend.position = "none",              plot.title = element_text(size = rel(6), hjust = 0.5)) } pies <- sapply(1:nrow(crime), function(i) {    outfile <- paste0("crime_", i, ".png")    plot_pie(i) + ggsave(outfile, bg = "transparent")    outfile }) radius <- sqrt(crime$population / pi) crime$radius <- 0.2 * radius/max(radius) crime$pie <- pies leg1 <- gtable_filter(    ggplot_gtable(        ggplot_build(plot_pie(1) + theme(legend.position = "right"))    ), "guide-box") ggplot(crime, aes(murder, Robbery)) +  geom_image(aes(image = pie, size = I(radius))) +  geom_subview(leg1, x = 8.8, y = 50)

我们还可以每次只画一个州的数据,制作成动图。

plot_crime <- function(i) {    o <- paste0(i, ".png")    ggplot(crime, aes(murder, Robbery)) + geom_blank() +        geom_image(data = crime[i, ], aes(image = pie, size = I(radius))) +        geom_subview(p, leg1, x = 8.8, y = 50) + ggsave(o)    o }library(magick)
library(purrr) order(crime$murder, decreasing = F) %>%    map(plot_crime) %>%    map(image_read) %>%    image_join() %>%    image_animate(fps = 2) %>%    image_write("crime.gif")

geom_subview可以图上嵌图,并不需要保存为图片,但对于ggplot2来讲,保存图片也是有好处的,因为ggplot2画图,点线是在数据空间上,随着我们保存图片的大小是按比例缩小或放大的,但文字是在像素空间上,和画图空间并不相关。所以当我们嵌图时缩小了画图窗口之后,字体会显得格外大,微调起来也比较繁琐,这时候保存为合适尺寸的图片,再用geom_image来加上去,显然就轻松得多。

其它来自R社区的例子

SAS博客对M&M巧克力的,通过模拟估计不同颜色的置信区间。这个,并产生下图:

其中垂直片段|是真实值,水平片段当然就是置信空间了,而估计值用了ggimage来画不同颜色的巧克力。
另一个例子是:

最近我还添加了geom_pokemon图层,让大家可以用pokemon来画图,比如:

ggimage是通用的包,所以可以被应用于不同的领域/场景中,起码可以让我们画出更好玩的图出来,后续我有时间的话,会写一个draw_key_image的函数,实现使用图片来当legend key的功能。
最后祝大家玩得开心!不要把图画得太有魔性哦:)

感谢大为和太云的校稿,特别是大为提出很多修改意见以及给出了用R画R的例子。

参考资料

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