百迈客邀您体验新技术——空间转录组
对于转录组，大家是不是已经耳熟能详了呀，那么空间转录组大家又了解多少呢？本期小编给大家带来了真正的福利哟，欢迎大家前来交流学习~
下面小编再和您唠唠空间转录组的那些事儿，带您一窥空间转录组的真容。百迈客医学诚邀各位老师前来尝新体验哟~
为什么要做空间转录组？
在多细胞生物中，单个细胞的基因表达严格按特定的时间和空间顺序发生，即基因表达具有时间特异性和空间特异性。时间特异性可以通过对不同时间点的样本取材，使用转录组测序技术来解析时间维度上细胞类型和基因表达模式；空间特异性信息则相对较难获得。
下图A和B是两个肿瘤组织的切片，A样本中存在淋巴细胞浸润现象，预后效果良好；而B样本淋巴细胞都被肿瘤组织阻碍在肿瘤的边缘，预后效果差。
什么是空间转录组？
空间转录组是从空间层面上解析RNA-seq数据的技术，从而解析单个组织切片中的所有mRNA，从而能够定位和区分功能基因在特定组织区域内的活跃表达。
空间转录组可以应用到组织切片和染色的标准方法中，从而研究空间分辨率下整个转录组mRNA的表达情况，同时在同一组织切片中获得组织学相关信息。
空间转录组技术原理是什么？
当组织冷冻切片附在空间转录组载片上时，条形码引物结合并从组织中捕获邻近的mRNA。被捕获的mRNA开始逆转录，得到的cDNA中包含了空间条形码。分析Illumina测序结果中空间条形码的序列，可以将每个mRNA转录的序列映射回组织切片中的起始位置。
空间转录组技术原理是什么？
空间转录组用于文库构建的每张载玻片上有四个捕获区域，每个捕获区域的大小为6.5x6.5mm，包含约5000个被条形码标记的点（barcoded spots），每个点的直径为55 μm，点和点之间中心的距离为100 μm，并且每个点都有一个唯一的barcode序列。
组织切片的细胞中会释放出mRNA，迁移到每个spot的mRNA会被标记上相应的barcode序列，然后进行文库构建并进行测序。
最后，根据数据的条形码信息对数据进行分析，以确定哪些数据来自哪个位置，从而实现空间基因表达的可视化。
空间转录组的应用方向有哪些？
在免疫学、肿瘤学、发育学、病理学和神经学等方面均有很好的应用。
空间转录组的数据量该如何确定？
如下图所示，不同的样本类型、不同的Coverage和基因表达量不同，其数据量也会不同。但数据量可按照以下方式进行计算≥50k reads pairs per spot，（例如：假设某样本的coverage为50%，则对应的数据量应该为：50% tissue coverage * 5000 total spots) * 50,000 read pairs per spot= 125 million read pairs (250M total reads)
空间转录组技术的已发表文献有哪些？
空间转录组技术的已发表的部分文献请见下表
小编寄语
百迈客自2015年率先引进PacBio三代测序平台，2018年8月又与牛津纳米孔公司达成长期合作，拥有MinION、GridION X5和PromethION三种型号全套纳米孔测序仪。全长转录组测序可利用Nanopore或Pacbio三代测序平台进行测序，借助其超长读长优势，无需组装，直接获得全长转录本，可准确鉴定基因的可变剪接、APA、融合基因、基因家族和非编码RNA等信息。
百迈客至今已积累了丰富的项目经验，据不完全统计，百迈客三代全长转录组成功案例累计发表篇数20+！，已发表文章研究物种覆盖哺乳动物、昆虫、林木、水产、中药和作物等领域，高精尖一流技术团队，助力累累科研硕果。