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一 .上期教程方法输出的结果1.上期的教程输出的结果2. 文件夹较多3.重要的文件夹是 combined4. txt 文件夹5. proteinGroup 文件二. 发现上期结果错误1.错误分析2.文章方法再次解析三. 正确的实验设置1）细胞一：OVCA4292）细胞二: OVISE3）注意四 输出结果基本认识summaryproGroupspeptidemodificationSpecificPeptides

一 .上期教程方法输出的结果

1.上期的教程输出的结果

2. 文件夹较多

每个样本对应输出了一个文件夹，文件夹内是每个样本的的谱图的解析。这些文件夹我们就不用看了。

3.重要的文件夹是 combined

4. txt 文件夹

在combined 文件里有一个 txt文件夹，这个txt文件包含了所有的你想要的信息。

5. proteinGroup 文件

txt文件夹里有一个 proteinGroup 文件，使用excel表格打开，那这个表格就是我们想要的表格

二. 发现上期结果错误

当我看到这里的时候，我发现了错误。

1.错误分析

我们上期教程中缩写的实验设计部分，输出的结果只有一个combined 文件夹，且在 蛋白定量的结果里只出现了两列定量丰富。

2.文章方法再次解析

文章的实验设计有两种细胞，每种细胞又有对照组和实验组。我们要做的LFQ定量，应该是每一种细胞的6个raw文件（3个对照+3个实验）进行定量。也就是说应该输出两个combined的文件，且每个proteinGroup 里有6列定量的信息，也就是每个样本都会有一个定量信息。实验设计要重新设置。

三. 正确的实验设置

两种细胞分开搜库

为了加以区分，没有多样本混乱并且不出现上面的错误，我们采用分开搜库，重新进行实验设计，首先将两个细胞的文件分别放在两个文件夹下。

1）细胞一：OVCA429

• 点击Maxquant 打开一个窗口，先导入第一种细胞的6个样本，命名实验为每个样本的名字，这样最后定量的结果会输出每个样本的定量信息。

• 然后设置参数，参数设置和上期一样。

• 1）增加数据库

• 2）设置定量信息，修饰信息等，本文都是采用默认参数。别忘记选LFQ 和 match between run（参考上期）

2）细胞二: OVISE

• 重新开一个Maxquant的搜库文件，导入数据

• 然后设置参数，参数设置和上期一样。

• 1）增加数据库

• 2）设置定量信息，修饰信息等，本文都是采用默认参数。别忘记选LFQ 和 match between run

3）注意

尽量搜完细胞一，再开始细胞二，电脑运行有限。全部搜库结束后也会出现上面描述的很多文件出现在每个文件夹下。然后再去找每种细胞文件夹下的 combined。这次大家不用再搜库了，我把结果文件放进了微云链接。大家去微云链接下载。

四 输出结果基本认识

summary

• 包含了6个样本分别的参数 一级谱图数 二级谱图数 鉴定谱图数等信息。

proGroups

• 这里包含了最重要的蛋白定量信息

peptide

• 如果做的是肽组学，需要定量肽段信息看这个表

modificationSpecificPeptides

• 带有修饰信息的肽段

• parameters

• 参数信息