TCGA&GEO生信高通量数据挖掘两天两晚精讲班【11月18-20日】
2022-10-30
TCGA&GEO生信高通量数据挖掘两天两晚精讲班
背景简介
项目类型 | 题目 | 金额/万元 |
重点项目 | FXYD3介导的信号网络对肠道黏膜免疫稳态的调控研究 | 300 |
重点项目 | 基于蛋白-蛋白相互作用精准调节转录因子Nrf2活性及探索其作为肝细胞癌治疗的新靶标 | 298 |
重点项目 | miR-23b/24-1簇防治烧伤后脓毒症所致MODS的系统研究 | 297 |
面上项目 | LZTR1基因突变导致的RAS/MAPK通路过度激活以及Noonan综合征相关肥厚型心肌病的机制研究 | 60 |
面上项目 | SUGP2基因及其突变在遗传性血色病中的致病作用及其机制研究 | 60 |
面上项目 | WDR73基因突变在Galloway-Mowat综合征中的致病机制研究 | 60 |
面上项目 | STAG2通过ERK/AKT/GSK3β/c-Myc反馈通路调节甲状腺癌谷氨酰胺代谢的机制研究 | 60 |
面上项目 | LncRNA FOXF1靶向调控动力相关蛋白1表达在缺氧诱发肺动脉内皮细胞焦亡中的作用及分子机制 | 55 |
会议预期
讲师简介：宋伟博士
成果：参与完成了近百篇软件著作权和发明专利的撰写和申请；肺癌、胰腺癌、骨肉瘤、胃癌等数据库的分析和构建；完成个体基因检测流程和无创唐筛流程的开发。
研究方向：有近十年的生信分析经验，擅长方向有转录组测序分析、芯片数据分析、疾病机理研究分析、疾病预后与基因关联分析、项目分析思路设计以及个性化分析等，精通perl、R等编程语言。
培训经历：在上海、北京、广州、沈阳、南京等城市举办过几十场培训班。
主办方：上海循掘生物科技中心
会议时间：2022年11月18-20日（2天2晚）
18日 晚上19:00-22:00
19日 白天9:00-18:00 晚上19:00-22:00
20日 白天9:00-18:00
会议地点：线上：腾讯网络会议室，
会务费用：3200元/人
优惠政策：
1.提前确认报名及转账的，可以提前拿到学习材料
2.三人组团报名，每人优惠100元
3.四人组团报名，每人优惠200元，
4.六人组团报名缴费，可免1人参会费！
可以开正规会务发票，纸质邀请函（盖红章）。
注意事项：必须使用win7以上系统的电脑，现场不得录音录像。上课软件为Cytoscape，Heml，GSEA，R和Rstudio。
另外需安装腾讯会议软件。
交费方式：
A：银行转账
账户名称：上海循掘生物科技中心 账户号：1001064709100016561
开 户 行：中国工商银行上海市永泰路支行
B：支付宝转账
收款人：yonghong1028@126.com 户 名:金永红
C：公务卡微信支付
报名方式
日程表
TCGA&GEO高通量数据挖掘分析实操强化研讨会 | |||
时间安排 | 课程表 | 介绍 | |
第一天夜间 | 19:00-20:30 | 生信简介 | 生物信息介绍 |
高通量：测序及芯片介绍——不同组学：转录组学、基因组学、表观组学、顺反组学、宏基因组学等。 | |||
经典生信SCI文章的解读，了解TCGA数据库、GEO 数据库这些公共数据的挖掘获得创新结论并发文章的思路。 | |||
20:30-20:45 | 休息 | ||
20:45-22:00 | TCGA数据库 NCBI GEO数据库 | TCGA数据库：最全的癌症高通量数据公共库(简介) | |
TCGA数据库的介绍和使用（包含了转录组、基因组、表观组和临床信息数据） | |||
GEO数据库介绍：数据量最大的高通量公共数据库。 | |||
GEO数据库的高通量芯片数据查找、筛选、探针转换、差异分析等。 | |||
第二天上午 | 8:30-10:00 | R语言学习 | R软件与Rstudio软件下载、安装、界面。 R语言基础：元素、向量、矩阵、数组 R语言函数：计算函数、统计函数等 R语言路径确认及修改 R语言文件（图、表）的导入和导出 |
10:00-10:20 | 休息 | ||
10:20-12:00 | R语言学习 | R语言包：包的下载安装 R语言：差异分析limma包使用、火山图制作 | |
12:00-13:30 | 午餐及午休 | ||
第二天下午 | 13:30-15:00 | TCGA相关的下载工具 | TCGA数据库癌症数据下载：RNA-seq数据、miRNA-seq数据、甲基化数据、基因组数据及临床信息数据的下载 |
15:00-15:20 | 休息 | ||
15:20-17:30 | TCGA相关的分析工具 | TCGA数据分析——突变分析、差异分析、关联分析、生存分析、miRNA调控靶基因分析等。 | |
17:30-19:00 | 晚餐 | ||
第二天夜间 | 19:00-22:00 | 数据的后续高级分析工具实战 | DAVID功能富集分析——GO富集和KEGG pathway富集分析 |
通路map图构建 | |||
聚类热图制作 R语言pheatmap包做聚类热图 | |||
蛋白与蛋白互作分析（PPI）——STRING数据库 | |||
第三天全天 | 8:30-12:00 | 数据的后续高级分析工具实战 | cytoscape软件（上）：网络图构建与美化 |
cytoscape软件（下）：插件使用 | |||
GSEA软件的实操：全基因集富集分析 | |||
12:00-13:30 | 午餐及午休 | ||
13:30-16:00 | 思路讨论 | 基于GEO数据库多套数据整合（meta）分析思路演练 | |
基于TCGA的lncRNA-miRNA-mRNA全转录组整合分析思路演练 | |||
基于TCGA的甲基化与转录组整合分析思路演练 | |||
基于TCGA的基因组与转录组整合分析思路演练 | |||
串讲 | 思路大串讲 | ||
备注：讲师使用windows10系统讲解，建议携带同样系统的电脑 | |||
上课软件为：Cytoscape，Heml，GSEA，R和Rstudio | |||
通过本次学习，您可以学会以下作图（包括但不限于）
示例图 通路富集分析结果图
示例图 聚类热图分析
示例图 网络图
示例图 pathway map图
示例图 关键基因的KM生存曲线图
示例图 柱状图与venn图
示例图关键基因的KM生存曲线图
示例图 venn图
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