全转录组高通量测序&芯片数据生信分析实战训练营！

医药加生信训练营预览

【医药加】全转录组高通量测序&芯片数据生信分析实战训练营

（训练营时间：2022.1.15-16日白天，16~19号四晚）

     为了保证训练营效果，我们腾讯网络会议平台授课，效果体验好！参加本次两天四晚训练营的学员，培训结束后可以获得全套视频，可通过微信群免费咨询，每周都可以免费进宋老师的腾讯会议参加宋老师的直播互动，学员可以获赠一份高价值标书参考。

培训简介

     转录组数据除了mRNA之外，还有miRNA、lncRNA和circRNA等非编码RNA。它们在生物医药领域也起到了非常关键的作用。2019年度国家自然基金医学科学部共批资助10138项目，批助金额总计441310万元。初步统计，这些项目中大部分都与编码基因有直接或间接的关联。其中与miRNA相关的有630项，金额2.3亿；与lncRNA相关的有395项，金额1.45亿；如何获得有创新意义的疾病靶标基因（mRNA，lncRNA，circRNA，miRNA等）是项目申请及文章写作时最常见的问题。因此我们基于全转录组数据分析的思路，把RNA层面的mRNA、LncRNA、circRNA和miRNA等分子分别给大家做一个分析实操，以及整合这几个RNA的分析思路（具体参见课程表）。

      为了适应生物医药科研工作者的学习效率，我们开展了此次训练营培训班。通过周末2天外加4个晚上的学习，我们在不影响正常工作的情况下，学习全转录组RNA分子的生信分析思路对项目及文章的帮助，以及实操常见的数据库、在线工具和本地软件（涉及了各种RNA分子相关的数据库、在线工具、免疫细胞浸润及R语言简单作图操作）。使得学员可以自己完成一个完整的分析报告并获得疾病相关的靶标基因。

讲师简介

宋伟博士， 中国精准医疗学会委员

研究成果：参与完成了近百篇软件著作权和发明专利的撰写和申请；肺癌、胰腺癌、骨肉瘤、胃癌等数据库的分析和构建；完成个体基因检测流程和无创唐筛流程的开发。

研究方向：有近十年的生信分析经验，擅长方向有转录组测序分析、芯片数据分析、疾病机理研究分析、疾病预后与基因关联分析、项目分析思路设计以及个性化分析等，精通perl、R等编程语言。

培训经历：在上海、沈阳、济南、武汉等城市举办过十几场培训班。培训的对象有：医生、学生、科研工作者、生信爱好者等。

培训方向：《测序与芯片数据分析》、《生物信息学的魅力》、《生信文章实例解读》、《生信与实验的密切关系》、《生信与临床医学的关系》、《生信实用工具培训》、《多组学整合分析流程》、《R语言培训》等

训练营安排

时间安排	课程表	介绍
	周六 9:00~12:00	生信简介	生物信息介绍
高通量：测序及芯片介绍 非编码RNA的机制、调控模式（miRNA、lncRNA与circRNA）
经典生信SCI文章的解读，了解TCGA数据库、GEO 数据库这些公共数据的挖掘获得创新结论并发文章的思路。 非编码RNA的创新文献解读（含miRNA、lncRNA和circRNA） 免疫细胞浸润创新文献解读
TCGA数据库 NCBI GEO数据库	TCGA数据库：最全的癌症高通量数据公共库(简介)
TCGA数据库的介绍和使用（包含了转录组、基因组、表观组和临床信息数据）
GEO数据库介绍：数据量最大的高通量公共数据库。
GEO数据库的高通量芯片数据查找、筛选、探针转换、差异分析等。
周六 13:30~17:30	TCGA相关的下载工具	TCGA数据库癌症数据下载：RNA-seq数据、miRNA-seq数据、及临床信息数据的下载 TCGA数据书库癌症数据的处理，获得关键mRNA、miRNA的表达谱矩阵。
非编码RNA数据库简介	miRNA 注释数据库（注释及序列下载） lncRNA注释数据库（注释及名称转换） circRNA注释数据库
单细胞测序	单细胞测序数据挖掘思路
	周日 9:00~12:00	R语言基础	R软件与Rstudio软件下载、安装、界面。 R语言基础：元素、向量、矩阵、数组 R语言函数：计算函数、统计函数等 R语言路径确认及修改 R语言文件（图、表）的导入和导出
R语言实战	R语言包：包的下载安装 R语言：差异分析limma包使用制作
周日 13:30~17:30	R语言实战	聚类热图制作 R语言pheatmap包做聚类热图
R语言ggplot2构建功能气泡图
基因功能分析	DAVID功能富集分析——GO富集和KEGG pathway富集分析
通路map图构建
	周一 19:00~22:00	免疫细胞浸润	免疫细胞浸润分析相关数据库及工具实操
免疫细胞浸润结果图片R语言作图 免疫细胞浸润结果生信结果解读
周二 19:00~22:00	miRNA分析	差异miRNA分析 miRNA-mRNA数据库（验证和预测结果） miRNA与靶基因结合位点（MRE）分析 VENN图分析 癌症的miRNA预后分析
lncRNA分析	miRNA-lncRNA数据库 lncRNA-target分析 lncRNA参与的ceRNA分析 共表达分析
	周三 19:00~22:00	circRNA分析	circRNA-seq高通量测序解读 miRNA-circRNA数据库 circRNA参与ceRNA的分析
全转录组整合思路	ceRNA（竞争性内源RNA）的机制 ceRNA关系对分析 ceRNA网络构建
周四 19:00~22:00	网络图构建	Cytoscape软件——网络图构建、美化及分析实操
结尾	串讲

分析示例图

示例图 通路富集分析结果图

示例图 聚类热图分析

示例图 网络图

示例图 pathway map图

示例图 关键基因的KM生存曲线图

示例图 柱状图与venn图

示例图 相关性散点图

示例图 免疫细胞浸润分析

示例图非编码RNA调控网络及功能富集分析（pathway）

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3、参加每个训练营都赠送2次评估文章或标书的服务; 报2个临床研究训练营，每个营减免200元学费，报4个训练营，每个营减免400元学费。

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